| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 541,414 | T→C | 12.8% | T1263T (ACT→ACC) ‡ | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 541,414 | 0 | T | C | 12.8% | 544.0 / 53.7 | 203 | T1263T (ACT→ACC) ‡ | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/104); new base C (17/9); total (90/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGT > NC_002947/541267‑541563 | gCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTc < 2:1913517/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGCTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTc < 2:4804062/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTcc < 2:610414/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACGCGCGGTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTg < 2:15741/150‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATaca > 1:369098/1‑126 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGa < 2:520338/150‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGa > 1:4021865/1‑150 (MQ=255) gcgcgTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAg < 2:4061547/150‑1 (MQ=255) gcgTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTc < 1:849163/150‑1 (MQ=255) gcgGTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTc < 2:3927640/150‑1 (MQ=255) gTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCgg > 1:4320867/1‑150 (MQ=255) aCTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCggg > 1:1758428/1‑72 (MQ=255) aCTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac > 2:3258862/1‑150 (MQ=255) tGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGt > 2:4315175/1‑150 (MQ=255) | GAAGCTGGCCGACCTGCCAGAGAGCGGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGT > NC_002947/541267‑541563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |