| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 542,075 | C→T | 5.9% | H104H (CAC→CAT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,075 | 0 | C | T | 5.9% | 631.5 / 18.1 | 202 | H104H (CAC→CAT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/91); new base T (7/5); total (106/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GGCCTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCT > NC_002947/541926‑542224 | ggCCTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGCGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGcac > 1:4716682/1‑150 (MQ=255) cTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATc < 1:1979902/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATc < 1:3413944/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATc > 1:4146163/1‑150 (MQ=255) tGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTg > 1:707428/1‑150 (MQ=255) tGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTg < 1:4322093/150‑1 (MQ=255) gcgtaTCTTTGGCCCGATCAAGGATTATGAATGCTTGTGCGGCAAGTACAAGCGTATGAAATACAAAGGCATCATCTGCGAAAAGTGCGGCGTTGAAGTCACGCTGTCGCGCGTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGcagc < 2:3378379/146‑4 (MQ=255) cAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTc > 1:23958/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGACGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCgg > 2:2528983/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCgg < 1:2043379/150‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTAGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCgg > 2:2445237/1‑150 (MQ=255) tttGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGtt < 2:547713/150‑1 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGccc > 1:3027314/1‑150 (MQ=255) 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tatgaatGCTTGTGCGGCAAGTACAAGCGTATGAAATACAAAGGCATCATCTGCGAAAAGTGCGGCGTTGAAGTCACGCTGTCGCGCGTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGCAGCACCTGTTGCCCATATCTGGTTCTTg < 1:1217809/144‑1 (MQ=255) tACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTg > 1:953933/1‑150 (MQ=255) cGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGaa > 2:1267421/1‑150 (MQ=255) cGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGaa < 1:4829244/150‑1 (MQ=255) gaatGCTTGTGCGGCAAGTACAAGCGTATGAAATACAAAGGCATCATCTGCGAAAAGTGCGGCGTTGAAGTCACGCTGTCGCGCGTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGCAGCACCTGTTGCCCATATCTGGTTCTTGAAg > 1:918944/4‑150 (MQ=255) 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aaGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTc < 2:497307/150‑1 (MQ=255) gTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGtt < 1:2327387/150‑1 (MQ=255) ttCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTa < 1:4510155/150‑1 (MQ=255) ttCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTa < 1:1577171/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTAt < 1:2053098/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTAt > 2:2619811/1‑150 (MQ=255) tcgtGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGa > 1:2326473/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCgaga > 1:1910428/1‑131 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCgaga < 2:1910428/131‑1 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGAccc < 1:3205554/150‑1 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGAccc < 1:1252540/150‑1 (MQ=255) aGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACCTGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCgg > 2:3652312/1‑150 (MQ=255) aGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCgg < 2:4716682/150‑1 (MQ=255) gcgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATc > 2:1229363/1‑142 (MQ=255) ggctaggCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGc < 1:3268547/145‑1 (MQ=255) cATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCAt < 2:1883286/150‑1 (MQ=255) cATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCAt > 2:3692991/1‑150 (MQ=255) tGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGa < 1:2549163/150‑1 (MQ=255) cacaTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAcc > 2:2389988/1‑150 (MQ=255) cacaTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAcc > 2:4140666/1‑150 (MQ=255) | GGCCTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCT > NC_002947/541926‑542224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |