| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 542,078 | C→T | 5.3% | I105I (ATC→ATT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,078 | 0 | C | T | 5.3% | 650.0 / 16.5 | 206 | I105I (ATC→ATT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/92); new base T (6/5); total (109/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGA > NC_002947/541929‑542227 | cTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATc < 1:4328178/150‑1 (MQ=255) tCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGc > 1:158133/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCt < 2:1757597/150‑1 (MQ=255) 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tttGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGtt > 2:2549163/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGccc > 2:4203598/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGc < 2:3426912/148‑1 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGc > 1:3426912/1‑148 (MQ=255) ccAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCcac > 2:1489356/1‑150 (MQ=255) aGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACAt < 2:1453188/150‑1 (MQ=255) tCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCt > 1:1819052/1‑150 (MQ=255) aaGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCACGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTgg > 1:4271732/1‑150 (MQ=255) aaGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTgg > 1:1409332/1‑150 (MQ=255) gACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTc < 2:5258731/150‑1 (MQ=255) 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tACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTg > 1:953933/1‑150 (MQ=255) tACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTg > 1:2047578/1‑150 (MQ=255) tACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTg > 1:262886/1‑150 (MQ=255) tgaatGCTTGTGCGGCAAGTACAAGCGTATGAAATACAAAGGCATCATCTGCGAAAAGTGCGGCGTTGAAGTCACGCTGTCGCGCGTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGCAGCACCTGTTGCCCATATCTGGTTCTTGaa > 1:1778378/5‑150 (MQ=255) cGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGaa > 2:1267421/1‑150 (MQ=255) gaatGCTTGTGCGGCAAGTACAAGCGTATGAAATACAAAGGCATCATCTGCGAAAAGTGCGGCGTTGAAGTCACGCTGTCGCGCGTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGCAGCACCTGTTGCCCATATCTGGTTCTTGAAg > 1:918944/4‑150 (MQ=255) gAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAg > 2:3646930/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTc > 1:4808066/1‑150 (MQ=255) cTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTg < 1:1246051/150‑1 (MQ=255) cTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTg < 1:4406910/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCt > 1:1458392/1‑148 (MQ=255) tgtgCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGc > 1:4658095/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGc > 1:4848275/1‑150 (MQ=255) tgCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCg > 2:3030933/1‑150 (MQ=255) ggCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTcc < 1:3030933/150‑1 (MQ=255) 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gTTCGTCGTGAGCGCATGGGCCATATTGAGCTCGCAGCACCTGTTGCCCATATCTGGTTCTTGAAGTCGCTGCCATCGCGCATCGGCACGCTGCTGGACATGACGCTCAAGGATATCGAGCGCGTTCTGTATTTTGAAAACTacattgtt > 1:3000334/1‑143 (MQ=255) gTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGtt < 1:2003284/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTAt < 1:2316846/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTAt > 2:2619811/1‑150 (MQ=255) tcgtGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGa > 1:2326517/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCgaga < 2:1910428/131‑1 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGAccc < 1:1252540/150‑1 (MQ=255) tGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGAccc < 1:3205554/150‑1 (MQ=255) aGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACCTGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCgg > 2:3652312/1‑150 (MQ=255) aGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCgg < 2:4716682/150‑1 (MQ=255) gcgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATc > 2:1229363/1‑142 (MQ=255) ggctaggCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGc < 1:3268547/145‑1 (MQ=255) cgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGc > 2:2397890/1‑75 (MQ=255) cgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGc < 1:2397890/75‑1 (MQ=255) cATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCAt < 2:1883286/150‑1 (MQ=255) cATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCAt > 2:3692991/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATg > 2:5035546/1‑150 (MQ=255) tGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGa < 1:5276080/150‑1 (MQ=255) gcACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAc > 1:838572/1‑150 (MQ=255) cacaTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAcc > 2:4140705/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTg > 1:3986829/1‑150 (MQ=255) tCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTgg < 1:857443/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGa < 1:3646930/150‑1 (MQ=255) | CTGTTCTGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGA > NC_002947/541929‑542227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |