| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 542,084 | G→C | 5.3% | L107L (CTG→CTC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 542,084 | 0 | G | C | 5.3% | 694.8 / 20.7 | 207 | L107L (CTG→CTC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/95); new base C (6/5); total (107/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAGG > NC_002947/541935‑542232 | tGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTg < 1:4322093/150‑1 (MQ=255) gcCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGcc > 1:1907620/1‑150 (MQ=255) cAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTc > 1:3289865/1‑150 (MQ=255) aGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGc < 2:3280279/150‑1 (MQ=255) gATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGcc < 1:2380258/150‑1 (MQ=255) gATCTTGGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGACGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGcc < 2:3039400/150‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCg > 2:3030511/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCgg > 2:2493568/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCgg < 1:2043379/150‑1 (MQ=255) tttGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGtt < 2:547713/150‑1 (MQ=255) ttGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTg < 2:2566159/150‑1 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGccc > 2:4203598/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGccc > 1:3027314/1‑150 (MQ=255) gCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGc < 2:3426912/148‑1 (MQ=255) ccAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCcac > 2:1489356/1‑150 (MQ=255) aGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACAt < 2:1406721/150‑1 (MQ=255) tCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCt > 1:1819052/1‑150 (MQ=255) cAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTg < 2:1839402/150‑1 (MQ=255) 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tACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTg > 1:953812/1‑150 (MQ=255) cGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGaa > 2:1267421/1‑150 (MQ=255) cGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGaa < 1:4829244/150‑1 (MQ=255) gAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAg > 2:3646930/1‑150 (MQ=255) gCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGc < 1:3247122/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCATGGCGCACATAGAGCAGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCgg > 2:3652446/1‑150 (MQ=255) gcgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATc < 1:1229363/142‑1 (MQ=255) gcgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATc > 2:1229363/1‑142 (MQ=255) cgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGc < 1:2397890/75‑1 (MQ=255) cgcATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGc > 2:2397890/1‑75 (MQ=255) aTGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATg > 2:5035546/1‑150 (MQ=255) tGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGa < 1:5276080/150‑1 (MQ=255) gcACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAc > 1:838572/1‑150 (MQ=255) cacaTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAcc < 2:2651492/150‑1 (MQ=255) cacaTCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTAcc > 2:4140705/1‑150 (MQ=255) tCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTgg < 1:1370938/150‑1 (MQ=255) tCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTgg < 1:857443/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGa < 1:3646930/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGaaa > 2:1024780/1‑150 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg < 2:982902/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg < 1:5046678/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg < 1:3956552/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg < 1:3469049/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg > 1:2999007/1‑150 (MQ=255) tGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAgg < 1:1198517/150‑1 (MQ=255) | TGCGCCAAGATCTTTGGCCCAGTCAAGGACTACGAGTGCCTGTGCGGCAAGTACAAGCGCCTCAAGCACCGCGGCGTAATCTGCGAGAAGTGCGGCGTTGAAGTTGCCCTGGCGAAGGTTCGTCGTGAGCGCATGGCGCACATCGAGCTGGCCTCGCCGGTTGCCCACATCTGGTTCCTGAAGTCGCTGCCGTCCCGTATCGGCTTGCTGATGGACATGACCCTGCGTGATATCGAGCGCGTGCTCTACTTCGAGAGCTATGTCGTTATCGACCCGGGCATGACTACCCTGGAAAAGG > NC_002947/541935‑542232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |