Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 542,534 | T→C | 7.3% | G257G (GGT→GGC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 542,534 | 0 | T | C | 7.3% | 501.6 / 19.1 | 163 | G257G (GGT→GGC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/79); new base C (5/7); total (77/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCT > NC_002947/542386‑542683 | ccAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 2:3390017/150‑1 (MQ=255) ccAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 2:3871206/150‑1 (MQ=255) cAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtgg > 1:3115832/1‑150 (MQ=255) cAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtgg > 1:2203802/1‑150 (MQ=255) ccTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCCGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCGGGAGGGTGGcc > 2:4958865/2‑150 (MQ=255) tCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGt < 1:2455448/150‑1 (MQ=255) aaCCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTcgc < 1:607353/150‑1 (MQ=255) aTCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTcc > 2:78427/1‑150 (MQ=255) cAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa < 2:109056/150‑1 (MQ=255) cAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa > 1:1642609/1‑150 (MQ=255) cAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa > 1:2302756/1‑150 (MQ=255) cAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa < 1:3007553/150‑1 (MQ=255) aagaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGAc > 1:590019/1‑150 (MQ=255) agaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGAcc > 1:4153918/1‑150 (MQ=255) gaagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCt > 2:2477847/1‑150 (MQ=255) aagCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTg > 2:443535/1‑150 (MQ=255) gCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGaa > 2:5011871/1‑150 (MQ=255) tttCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCATTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACg > 2:2204199/1‑150 (MQ=255) 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aaGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCgg < 1:316193/150‑1 (MQ=255) aGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCggg < 1:3374511/150‑1 (MQ=255) gCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGt > 2:306540/1‑150 (MQ=255) cTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTc > 2:2350309/1‑122 (MQ=255) cTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTc < 1:2350309/122‑1 (MQ=255) tGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGa < 2:2233595/150‑1 (MQ=255) gATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGAt < 1:2806966/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGa < 2:1094451/122‑1 (MQ=255) ggAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCaa > 1:2666285/1‑150 (MQ=255) gCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGt > 2:3476465/1‑150 (MQ=255) gCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGt > 1:3578451/1‑150 (MQ=255) 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gggCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGaa < 1:1542845/150‑1 (MQ=255) cggCAACCGTCCTGAGTGGATGATTATGAAGATCGTTCCGGTTATTCCACCGGATCTGAGTCCTCTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGaa < 2:5299384/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGTCCTGAGTGGATGATTATGAAGATCGTTCCGGTTATTCCACCGGATCTGCGTCCTCTGGTTCCGCTCGATGGCGGTCGTTTTGCTACATCCGATCTCAACGACCTTTACCGTCGTGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAg > 2:2971305/1‑150 (MQ=255) gCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAgc < 2:1434592/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAgcgc < 1:3555450/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGcc < 2:3538735/150‑1 (MQ=255) cctgcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCct < 2:3277643/150‑1 (MQ=255) gcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgct < 2:2659101/150‑1 (MQ=255) gcctgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCctgct < 1:4599299/150‑1 (MQ=255) tgAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGa > 1:1042906/1‑150 (MQ=255) 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ggTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGc < 1:78427/150‑1 (MQ=255) ggTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGc > 1:1730363/1‑150 (MQ=255) gTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCg > 1:656099/1‑150 (MQ=255) gTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCg > 1:1119178/1‑150 (MQ=255) ttCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCgg < 1:5011871/150‑1 (MQ=255) 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tggtggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGTGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGctct < 2:1612234/150‑1 (MQ=255) tggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTctgct < 2:3354394/150‑1 (MQ=255) tggCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTctgct < 1:1374642/150‑1 (MQ=255) | CCAACTCGGAAACCAAGATCAAGAAGCTTTCCAAGCGTCTGAAGCTGATGGAAGCTTTCCAGGGCTCGGGCAACCTGCCTGAGTGGATGGTCCTGACCGTCCTGCCAGTGCTGCCGCCGGACCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGCCGTTTCGCGACTTCCGACCTGAACGACCTGTATCGCCGGGTGATCAACCGTAACAACCGTCTGAAGCGCCTGCTGGATCTGTCGGCGCCGGACATCATCGTGCGCAACGAAAAGCGCATGCTGCAGGAAGCGGTTGACGCTCTGCT > NC_002947/542386‑542683 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |