| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 90,414 | C→T | 13.2% | intergenic (+89/+33) | PP_0079 → / ← PP_0080 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 90,414 | 0 | C | T | 13.2% | 453.2 / 49.0 | 174 | intergenic (+89/+33) | PP_0079/PP_0080 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/84); new base T (10/13); total (77/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GCGGCGTGGGGCGTTGATCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGT > NC_002947/90265‑90563 | gTGGGGCGTTGATCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCgtcgc > 2:2930634‑M2/1‑145 (MQ=255) gATCGAGCGTTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTgc < 1:1173101/150‑1 (MQ=255) gATCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTgc < 2:4572602/150‑1 (MQ=255) gAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcag > 2:2083045/1‑150 (MQ=255) cgCGGTTTGTGGATTGGTGGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagc < 2:4024704/149‑1 (MQ=255) aGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagc > 2:1939995/1‑150 (MQ=255) ggggTTTGGGGTGTGGTGGGAGCAGGCGCGCAGCCTTTGCGATGTTGGGGCCGCTGTGCGGCCCATCGCGCCACCCGGCCGCTCCCACCGGGGCACTGCCCCCGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTGGCGTCGCGCTGGGCTGCgcagca < 1:3519693/148‑1 (MQ=255) gCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagca > 2:4889377/1‑150 (MQ=255) gCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACTGGCACAGCACACGCCG‑GCCCAAGTGGGAGCCGCCTTGCCTCCCCAAGGGCAGCgcagca > 1:4313874/1‑150 (MQ=37) gCGGGTTGGGGCTTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGCTTTGGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagca < 2:5260791/150‑1 (MQ=38) ggTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTCGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACAGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCagcagc > 1:4804677/1‑150 (MQ=255) tttGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGccc < 1:150710/150‑1 (MQ=255) tttGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACACTGTCACAGCACACCCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCATGCGTCGCCATGGGCGGCGCAGCAGccc > 1:1694520/1‑150 (MQ=38) 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agaTTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTgctcgctc < 1:2177728/150‑1 (MQ=255) tttGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGt < 1:2083622/150‑1 (MQ=255) tttGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGt < 2:5228852/150‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCa > 2:987135/1‑150 (MQ=255) gggCCGCAAAGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCGCCCACAGTGGCACTGCCCCCGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCGGCGCCGCAGCCCCGGCCATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCGCGCTCCGGTGCaa > 1:353161/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCt > 1:1522120/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaaccaatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcgg < 1:3849343‑M2/150‑102 (MQ=255) gCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGc > 1:5188509/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGTgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaaccaatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcggcg < 2:484045‑M2/150‑104 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGTgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaaccaatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcggcg < 1:939551‑M2/150‑104 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaaccaatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcggcg < 1:270663‑M2/150‑104 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGa < 1:2456930/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGa > 2:5209902/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGa > 1:1400299/1‑150 (MQ=255) ccACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGTgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaacccatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcggcggg < 1:678075‑M2/150‑106 (MQ=255) 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gTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGa < 2:1091460/150‑1 (MQ=255) gTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGa < 2:5633/150‑1 (MQ=255) gTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGa < 2:754530/150‑1 (MQ=255) gTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTAGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTggc < 1:1725373/150‑2 (MQ=255) gCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACaa > 1:3753380/1‑150 (MQ=255) cACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAg < 2:2274725/150‑1 (MQ=255) tGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAgcgc < 1:4119174/150‑1 (MQ=255) tGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAgcgc > 1:2245066/1‑150 (MQ=255) cgCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGCTGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAgcgc < 2:661479/149‑1 (MQ=255) gCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGcgcc < 2:1690048/150‑1 (MQ=255) gCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGcgcc < 2:179460/150‑1 (MQ=255) cacaCGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGTgtcgcgatgggccgcaaagcggccccaaaatctcaaaggctgcgctcctgctccaaccaatccacaaaccgctcgatcaacgccccacgccgcttgcgcggcggtaagactacgtaata > 2:939551‑M2/1‑31 (MQ=255) acacGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGcgccgc > 2:461861/1‑150 (MQ=255) acGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGtc < 2:4983193/99‑1 (MQ=255) aagCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGtc > 1:4983193/3‑99 (MQ=255) cGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAAc < 2:912915/150‑1 (MQ=255) g‑gCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCt > 2:2742609/1‑150 (MQ=255) gCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTc < 1:5444948/150‑1 (MQ=255) ccATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTcag > 2:399870/1‑150 (MQ=255) gtgGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTcagccag < 1:826471/150‑1 (MQ=255) gggAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCagccagcc > 1:3093253/1‑150 (MQ=255) gggAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCagccagcc > 1:3093246/1‑150 (MQ=255) gCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAgg < 1:287575/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCt > 1:1044842/1‑150 (MQ=255) cTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCa < 2:3006633/150‑1 (MQ=255) ttGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAg > 2:3896151/1‑150 (MQ=255) cGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCCCGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGt < 2:4313874/150‑1 (MQ=255) | GCGGCGTGGGGCGTTGATCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCG‑GCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGT > NC_002947/90265‑90563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |