Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 92,972 | T→G | 5.2% | M208L (ATG→CTG) ‡ | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 92,972 | 0 | T | G | 5.2% | 709.7 / 18.3 | 211 | M208L (ATG→CTG) ‡ | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/103); new base G (5/6); total (102/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCTCGGCTCTTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCT > NC_002947/92823‑93121 | gCTCGGCTCTTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCCCGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCAt > 2:5065111/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCTCTTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCAt > 1:5233575/1‑150 (MQ=255) ggCTCTTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCg > 1:2969802/1‑150 (MQ=255) ctctTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCggg < 2:1393115/150‑1 (MQ=255) ttCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTa > 1:4979686/1‑150 (MQ=255) tccaGGAACTCATGAAACCGGCCCAGGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTAc < 1:5370874/147‑1 (MQ=255) tCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGCCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGCTGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTAc > 2:2379088/1‑150 (MQ=255) gAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACgg < 1:1970405/150‑1 (MQ=255) gAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACgg < 1:4709626/150‑1 (MQ=255) gAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACgg < 1:5202600/150‑1 (MQ=255) gAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGgtg < 1:1548853/150‑1 (MQ=255) aCTCATGAAACAGGCCCTTGGCATTGGAGCCGCCGCAGACGCAGGCTACCAGGCTGTCTGGCTGACTGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGtgtg < 2:1316281/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:4067923/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 1:2180705/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:234746/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:4885907/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg > 2:5335518/1‑150 (MQ=255) tCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTggg > 2:3430464/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCg < 2:4441423/119‑1 (MQ=255) aTTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAg < 1:817990/150‑1 (MQ=255) aTTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAg > 1:5416813/1‑150 (MQ=255) gccgccgACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGgt < 2:4743778/150‑1 (MQ=255) gccgccgACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGgt < 2:209386/150‑1 (MQ=255) 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aCTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTACCTGGCACGa > 2:2886617/1‑150 (MQ=255) aCTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGa > 1:1357728/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAt > 2:3849657/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCCTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAt > 2:4461264/1‑150 (MQ=255) tGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAgg > 1:2643880/1‑120 (MQ=255) tGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAtc < 2:1589770/150‑1 (MQ=255) aGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCgg < 2:2969802/150‑1 (MQ=255) aGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCgg > 2:774676/1‑150 (MQ=255) gTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgc < 2:3027670/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgc < 2:179541/150‑1 (MQ=255) tCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgcg < 2:2025588/150‑1 (MQ=255) gcgcACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGcc > 1:4409943/1‑150 (MQ=255) cgcACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGccc > 1:4315975/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCcagcag < 2:3701760/150‑1 (MQ=255) | GCTCGGCTCTTCGAGGAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCT > NC_002947/92823‑93121 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |