| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 92,985 | G→A | 5.9% | H203H (CAC→CAT) ‡ | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 92,985 | 0 | G | A | 5.9% | 582.6 / 16.5 | 187 | H203H (CAC→CAT) ‡ | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/90); new base A (5/6); total (91/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACAC > NC_002947/92838‑93134 | gAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGgtg < 1:1548853/150‑1 (MQ=255) aaCTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGgtgt > 2:4032893/1‑150 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:4453901/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:4067923/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 1:2177711/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:294022/150‑1 (MQ=255) cTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTgg < 2:234746/150‑1 (MQ=255) tCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTggg > 2:686944/1‑150 (MQ=255) tCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTggg > 1:2922013/1‑150 (MQ=255) tCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTggg > 2:349754/1‑150 (MQ=255) tCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTggg > 2:3430464/1‑150 (MQ=255) cATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCACCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGgc > 2:111042/1‑150 (MQ=255) aTGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGgcc > 1:4777603/1‑150 (MQ=255) aTGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGgcc > 2:2091085/1‑150 (MQ=255) aaaCAGGCCCAGGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGCCGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGtgtgttgcacg < 2:1263719/150‑8 (MQ=255) aaCAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGgccagcc > 1:4731707/1‑150 (MQ=255) aGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACg > 1:5245835/1‑150 (MQ=255) ccATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGc < 1:1277792/150‑1 (MQ=255) 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tGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAgg < 2:2643880/120‑1 (MQ=255) tGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAgg > 1:2643880/1‑120 (MQ=255) tGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAtc < 2:1589770/150‑1 (MQ=255) aGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCgg > 2:17241/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCACCATGGCGGGGTACGTGTGTGGGCCAGCCACGTTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACTTTGGTAACCCAGTCACGCAGGTCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATATCTgc < 2:3027330/149‑1 (MQ=255) tCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCa > 2:2955602/1‑112 (MQ=255) tCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCa < 1:2955602/112‑1 (MQ=255) tCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgcg > 1:4082154/1‑150 (MQ=255) cgcgCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgcgc < 2:4602836/150‑1 (MQ=255) gcgcACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGcc > 1:4409882/1‑150 (MQ=255) gcACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGaa > 2:3045568/1‑52 (MQ=255) cATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCcagcag > 1:5222851/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCcagcag < 2:3701760/150‑1 (MQ=255) gggTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATg < 1:3205085/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAaca > 1:5380206/1‑150 (MQ=255) | GAACTCATGAAACAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACAC > NC_002947/92838‑93134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |