Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 590,714 | T→A | 5.6% | W279R (TGG→AGG) | PP_0500 → | dTDP‑4‑rhamnose reductase‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 590,714 | 0 | T | A | 5.6% | 720.5 / 20.9 | 214 | W279R (TGG→AGG) | PP_0500 | dTDP‑4‑rhamnose reductase‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/105); new base A (6/6); total (102/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTACGCATTCTCGACGACTT > NC_002947/590565‑590863 | tCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCt > 2:1464912/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCt < 1:2345151/150‑1 (MQ=255) cGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTg < 1:694122/150‑1 (MQ=255) ccggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTg < 2:2222480/150‑1 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTgg > 1:3861007/1‑150 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTgg < 1:3111168/150‑1 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTgg > 1:437660/1‑150 (MQ=255) cggccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTgg > 2:71529/1‑150 (MQ=255) gccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCt > 1:5167294/1‑150 (MQ=255) ccAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCtt < 2:2925609/150‑1 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCCAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGc < 1:2906703/150‑1 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGc > 2:4924174/1‑150 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGc < 1:3167167/150‑1 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGc > 1:4003000/1‑150 (MQ=255) aaTACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTAGCAAGCCAGCGCGCCAGGCACGC‑GGCTTga < 2:684615/150‑2 (MQ=255) tACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCa < 1:5067151/150‑1 (MQ=255) tACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCa > 1:261391/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACct > 1:2046372/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATTCCAGCGAAGAGCCACCGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTGCATACCGCCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCGGGCTTGCCACctct < 2:3492919/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGTCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTAc < 2:5103790/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTAc > 2:263464/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTCCt < 1:1561734/150‑1 (MQ=255) gCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGAc > 2:3434766/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTg > 1:1785814/1‑127 (MQ=255) gTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCgg > 2:3665783/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGt < 1:1505988/150‑1 (MQ=255) gCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTAc > 1:3312071/1‑150 (MQ=255) cccccACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTAcc > 1:4615389/1‑150 (MQ=255) ccccACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCg > 1:951/1‑150 (MQ=255) ccccACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCg > 2:5427008/1‑150 (MQ=255) ccACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGcc > 1:1007167/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGGACTGGCCTGCAAGAAACTCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCGACCGCCAt < 2:3100723/150‑1 (MQ=255) cgccgcAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATg < 2:486672/150‑1 (MQ=255) 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tCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAg > 1:370190/1‑150 (MQ=255) tCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAg > 1:1283985/1‑150 (MQ=255) aTACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGc > 1:2385645/1‑150 (MQ=255) tACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCt < 2:4615389/150‑1 (MQ=255) tccTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTa < 1:2259690/149‑1 (MQ=255) 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aagccagcgcgcCAGGCACGCGGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTAc > 2:2114419/7‑147 (MQ=255) aagccagcgcgcCAGGCACGCGGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTAc < 1:2114419/141‑1 (MQ=255) aGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTACGCAtt > 1:1265015/1‑150 (MQ=255) gCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCgttg > 2:2430361/1‑122 (MQ=255) cc‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTACGCATtct > 1:1610614/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTACGCATTCTCGACGACtt > 1:1979542/1‑150 (MQ=255) | TCGCCGAGGCCGGCCAATACCGCCAGCTGGCCGTTCAGGCCCCCACGCCGCAGGCCCATGCCGCGCGCCCGGATGCCAGCGAAGAGCCACAGCACGCGGTACTGGCCTGCAAGAAAATCCTTCATACCTTCGGTATCAAGCC‑GCGTGCCTGGCGCGCTGGCTTGCCACCTCTACTGGACCGGTTCTACCGCCATGGCTGACGCCCCCATCCTGATCACCGGCGGTGCCGGCTTCATTGGCTCCCACCTGTGCGATGCGTTGTTGGACAAAGGCTACGCCGTACGCATTCTCGACGACTT > NC_002947/590565‑590863 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |