| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 609,782 | A→C | 7.2% | L356R (CTG→CGG) ‡ | PP_0525 ← | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 609,782 | 0 | A | C | 7.2% | 460.6 / 16.1 | 142 | L356R (CTG→CGG) ‡ | PP_0525 | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/58); new base C (7/4); total (80/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTC > NC_002947/609633‑609930 | gATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagca < 2:1744800/150‑1 (MQ=255) aTTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagcag < 2:1934214/150‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAgg > 1:2456500/1‑150 (MQ=255) tCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGc > 2:4864351/1‑150 (MQ=255) ttGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCtg > 1:722346/1‑150 (MQ=255) gTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCtgtt < 1:4512464/150‑1 (MQ=255) gTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCtgtt < 2:2353701/150‑1 (MQ=255) tCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCCTGCtgttg < 1:3053134/150‑1 (MQ=255) 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aaGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGc > 1:689863/1‑150 (MQ=255) tAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTc < 1:1195420/150‑1 (MQ=255) aaaaGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCt < 2:773525/150‑1 (MQ=255) aaaGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTg > 2:313161/1‑150 (MQ=255) aaaGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTg < 1:590892/150‑1 (MQ=255) aaaGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTg > 2:809778/1‑150 (MQ=255) aaaGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTg > 1:3842966/1‑150 (MQ=255) aGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGcc > 1:5076514/1‑150 (MQ=255) ttCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGt > 1:2574919/1‑150 (MQ=255) ttCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGt > 1:5002445/1‑150 (MQ=255) 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aaCAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGaaa < 1:4674040/150‑1 (MQ=255) aCAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCa > 1:4981296/1‑98 (MQ=255) aCAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCa < 2:4981296/98‑1 (MQ=255) aTGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGGTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCt > 1:5189142/1‑150 (MQ=255) aTGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCt < 2:3363740/150‑1 (MQ=255) aTGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCt > 1:4142419/1‑150 (MQ=255) 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2:457044/150‑1 (MQ=255) cagGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTc < 2:4356258/150‑1 (MQ=255) | GATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTC > NC_002947/609633‑609930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |