| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 92,998 | A→G | 6.3% | V199A (GTG→GCG) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 92,998 | 0 | A | G | 6.3% | 543.9 / 16.4 | 173 | V199A (GTG→GCG) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/88); new base G (5/6); total (79/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTG > NC_002947/92850‑93146 | cAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCAc < 2:3162233/150‑1 (MQ=255) aGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACg > 1:5245835/1‑150 (MQ=255) ccATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGc > 2:5352614/1‑150 (MQ=255) cATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGTCCAGCCACGGTGca < 2:1894921/150‑2 (MQ=255) cATGGCATTGGAGCCACCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGcc < 2:4635414/150‑1 (MQ=255) aTGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCg < 2:829650/150‑1 (MQ=255) aTTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAg < 1:817990/150‑1 (MQ=255) aTTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAg > 1:5416813/1‑150 (MQ=255) 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gccaCGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCctgc > 2:3311439/1‑150 (MQ=255) aCGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCa > 2:2514133/1‑103 (MQ=255) | CAGGCCCATGGCATTGGAGCCGCCGCCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTG > NC_002947/92850‑93146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |