| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 648,294 | G→T | 5.6% | intergenic (+60/+31) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 648,294 | 0 | G | T | 5.6% | 467.8 / 12.3 | 143 | intergenic (+60/+31) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/68); new base T (6/2); total (73/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGA > NC_002947/648148‑648443 | gCGGCTGGGGCTTTGGGCTTTTCGCGGGCTCCGGTTTTTGGGCGTGTGCATGAGCACCGCTTCGACATGCCGCGGATGATGGGGTAGAGCCGTGGGGCCGCGACGGGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGcc < 1:2790310/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTTGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCCCATTCTTGCAGGCAAAAAAAAACCCCCGCCCACGGCCggg > 2:5262284/1‑150 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCCCATAATGGCCCGCCATAAAAAACACCCCCACACGGCCggg > 2:3796355/1‑150 (MQ=255) cACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGGCGCCGCCCCCCCCTCAGGGAGGCCAAAAAAAAAACCCCCCCACGGCCgggg > 1:1510673/1‑150 (MQ=255) cACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCgggg < 2:435372/150‑1 (MQ=255) gggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttt < 2:596541/150‑2 (MQ=255) gggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCCGCCCCACATTCTGGCAGGCAATAAAAAAACCCCGCACAGGGCCCGGGTTc > 2:4359333/1‑150 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCCCGCCCCGGCCCCCCAATCAGGCAGGCAAAAAAAAAAACCCCCACAAGGCCGGGGGTCTGGt > 2:4110382/1‑150 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTGATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGt < 1:1621229/150‑1 (MQ=255) ttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCCACGCGGCCCCACAATCTGGCAGGCAATAAAAAAAACCCGCACACGGCCGGGGGTCTGGTa > 2:2957132/1‑150 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGCCCCCGCCCCCGAATATTGGAGGGCATAAAAAAAACCCGCACACGGCCCGGGGTCTGGTaa > 1:3408524/1‑149 (MQ=255) ggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGACGCCGCCCCACATTCTGGCAGGCCAAAAAAAAACCCCGCCCCCGGCCGGGGGTCTGGGACaa > 2:298232/1‑149 (MQ=255) gCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGACCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAAACCCCGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATc > 1:3034327/1‑150 (MQ=255) gggCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTacac < 2:3522681/150‑1 (MQ=255) gCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGa < 2:2883851/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTc < 2:147858/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGACGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTgg < 1:4110382/150‑1 (MQ=255) cGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGc < 2:526015/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATg < 2:4931588/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCCCGCCGCGGCCCCAGCTTCTGGCCGGCCAAAAAAAAACCCCGCCCAGGGCCGGGGGTCGGGTACAACACACAACAAGAGCACTCCGGGGTGGGCCGGTTGTGGTCGCGGTGGTGTATg > 2:5286626/1‑150 (MQ=255) gcgGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCGCAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGa < 1:2498473/150‑1 (MQ=255) cgGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAc < 2:1184053/150‑1 (MQ=255) atcttGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAc < 1:543584/146‑1 (MQ=255) 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GCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGA > NC_002947/648148‑648443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |