Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 660,944 | A→T | 5.4% | intergenic (+73/‑94) | speA → / → PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 660,944 | 0 | A | T | 5.4% | 606.2 / 14.5 | 178 | intergenic (+73/‑94) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/93); new base T (5/5); total (80/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
ACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGGCG > NC_002947/660797‑661093 | aCTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAg < 2:2573080/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGcc > 1:1627713/1‑150 (MQ=255) gTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCAc < 1:3438222/150‑1 (MQ=255) 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gCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGt < 1:4951436/143‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATcc < 1:2473318/150‑1 (MQ=255) cTTCCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGACCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCg > 1:4781889/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCgg < 2:355910/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCgg > 2:129927/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCAt > 2:2379768/1‑150 (MQ=255) ttGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATc > 2:909845/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCa < 1:1026848/150‑1 (MQ=255) ccGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCAcc > 1:670356/1‑150 (MQ=255) ccGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCAcc > 1:4481164/1‑150 (MQ=255) ccGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCAcc > 1:1065354/1‑150 (MQ=255) ttCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGcc < 1:5170877/150‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCg > 1:2090748/1‑150 (MQ=255) tCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCg < 2:1217241/150‑1 (MQ=255) tACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTa < 2:3464971/150‑1 (MQ=255) 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tGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCtt > 2:4556986/1‑150 (MQ=255) tGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCtt < 2:4445822/150‑1 (MQ=255) tGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCtt > 1:251833/1‑150 (MQ=255) gtcgtcGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCttt < 2:1664374/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCttt < 1:700001/150‑1 (MQ=255) 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gATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTc < 2:3132097/150‑1 (MQ=255) atatGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCt < 1:2728230/150‑1 (MQ=255) atatGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCt < 1:2311972/150‑1 (MQ=255) tGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGaa > 1:1410164/1‑150 (MQ=255) tGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGaa < 2:748073/150‑1 (MQ=255) gggCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATcc < 1:1292977/150‑1 (MQ=255) ggCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTCAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCACTGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCCTCGGTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCg > 2:4010704/1‑150 (MQ=255) gAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGTAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgc < 1:4205488/150‑1 (MQ=255) gAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgc < 2:1267110/150‑1 (MQ=255) aaGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgcg > 2:4894659/1‑150 (MQ=255) | ACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGGCG > NC_002947/660797‑661093 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |