| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 660,945 | A→C | 5.6% | intergenic (+74/‑93) | speA → / → PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 660,945 | 0 | A | C | 5.6% | 606.6 / 17.1 | 178 | intergenic (+74/‑93) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/93); new base C (5/5); total (80/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
ACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGGCG > NC_002947/660797‑661093 | aCTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAg < 2:2573080/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGcc > 1:1627713/1‑150 (MQ=255) gTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCAc < 1:3438222/150‑1 (MQ=255) 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gggCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATcc < 1:1292977/150‑1 (MQ=255) ggCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTCAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCACTGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCCTCGGTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCg > 2:4010704/1‑150 (MQ=255) gAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGTAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgc < 1:4205488/150‑1 (MQ=255) gAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgc < 2:1267110/150‑1 (MQ=255) aaGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGgcg > 2:4894659/1‑150 (MQ=255) | ACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTACGTGGCGGTCGAGTGTCTGAATCCGGGCG > NC_002947/660797‑661093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |