| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 663,067 | 0 | C | T | 5.2% | 549.2 / 10.8 | 173 | intergenic (‑110/‑71) | PP_0569/yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/92); new base T (4/5); total (76/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GGTGGGGCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAA > NC_002947/662919‑663212 | tatctggCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGTGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGcc < 1:2143025/145‑1 (MQ=255)ggtgggGCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCTTGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCTTGGTCTGACCTGGCGCGCAACGcc < 1:4640400/150‑1 (MQ=255) tgggGCGGTGGCGCCTGTCGGCAGCGAGTTGGGGCTTGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACTAATGGCCAAAGTGTAACGACCAGGCAACCTTTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCgg < 2:1358103/150‑1 (MQ=255) 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gTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGActc > 1:490147/1‑150 (MQ=255) tGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTc < 2:1428769/150‑1 (MQ=255) ggACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTc < 1:2015376/149‑1 (MQ=255) cccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCa < 1:3800749/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCtgt < 1:789786/139‑1 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 1:5171310/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 1:4532834/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 2:4069196/1‑150 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 1:1891639/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:81932/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:3982925/150‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCggg > 2:1175624/1‑150 (MQ=255) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGAttg > 1:381699/2‑95 (MQ=38) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGAttg < 2:381699/94‑1 (MQ=38) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTa > 2:4128606/2‑150 (MQ=255) cAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTaa < 2:1646818/150‑1 (MQ=255) | GGTGGGGCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAA > NC_002947/662919‑663212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |