Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 663,069 | 0 | G | A | 5.3% | 532.5 / 12.0 | 169 | intergenic (‑112/‑69) | PP_0569/yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/90); new base A (4/5); total (74/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GTGGGGCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAA > NC_002947/662920‑663212 | tgtggCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCgg > 2:3718570/4‑150 (MQ=255) tgggGCGGTGGCGCCTGTCGGCAGCGAGTTGGGGCTTGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACTAATGGCCAAAGTGTAACGACCAGGCAACCTTTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCgg < 2:1358103/150‑1 (MQ=255) ggggCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCggg > 2:5414359/1‑150 (MQ=255) gaggTGGCGCCAGACGGAAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCAAAGAGAAATTGGGGCCGCTGTGTGCCCCATTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAAAGCCGGGtgc > 2:2706580/3‑150 (MQ=255) gCGGTGGCGCCAGTGGGCAGCTTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGATTTTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACTAATGGCCACAGTGTAACGACCCGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTGGGACCTGGCGCGCAACGCCGGGtgc < 1:4420639/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGtgc > 2:2706511/1‑150 (MQ=255) ggTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGtgctg < 2:3964221/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCa > 1:4846227/1‑150 (MQ=255) 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ggCAGCGTTTTGGGGCTTGGGCATTCCATGATATTTGGGGGCCTAGGTTTGCCCCTTTACCTATTGGCCACAGTGTACCTACCAGGCAACAATTTA‑GCGCGACATTGGTCTGACCTGGCGCGAAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2394758/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGCCCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2394110/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGAGTTGGGGCATGTGCCTTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGTTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:1623914/150‑1 (MQ=255) gCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAg > 2:2548975/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTgcgc < 1:961245/150‑1 (MQ=255) gAGTTGGGGCATGTGCTTTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACCGTGTAACGACCAGGCAACCATTTC‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCtata < 2:5235138/150‑1 (MQ=255) gAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCtata < 1:3634897/150‑1 (MQ=255) tGGGGCTTGTGCATTACTTGAGATTTTGGGGCGGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACAATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtg < 2:717174/150‑1 (MQ=255) gggCTTGTGCTTTCCATGATTTTTTGGGGCGGCTGTGGGCCCCTTTAACGAAGGGCCCCTGTGTACCGACCAGGCAACCTTTTT‑GCGCGACCAGGGTCTGACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtgct < 1:4908393/150‑1 (MQ=255) gggCTTGTGCTTTCATTGTGTTTGTGGGGCGGCTGGGTGCCCTTTTAACGAATGCCCACTGTGAACCCACCCGCAAACCTTTTC‑GCGCGACCTTGGTCTGACGTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtgct < 1:1529518/150‑1 (MQ=255) 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gCATTCCAGGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCAc < 2:4651253/150‑1 (MQ=255) aTTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCCACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTgc > 1:520364/1‑127 (MQ=255) aTTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTgc < 2:520364/128‑2 (MQ=255) aTTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGt > 1:134334/1‑150 (MQ=255) cATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTacac > 1:264869/1‑150 (MQ=255) cATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTacac > 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tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTca > 2:4407767/1‑150 (MQ=255) tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTca > 2:5238231/1‑150 (MQ=255) tAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTcaac < 2:777250/150‑1 (MQ=255) cGAATGGCCACTGTGTAACGACCAGCCAACCATTTC‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACaaa < 2:1066387/150‑1 (MQ=255) cGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACaaa < 2:3991272/150‑1 (MQ=255) gAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa > 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ccAGGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCtgt < 2:4484235/150‑1 (MQ=255) caaTGGTCGTACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCtgt < 1:2706580/148‑1 (MQ=255) agggTCTGCCCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCAAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGa < 1:3718570/148‑1 (MQ=255) tGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGAc > 2:1024765/1‑150 (MQ=255) gTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGActc > 1:180227/1‑150 (MQ=255) ggACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTc < 1:2015376/149‑1 (MQ=255) cccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCa < 1:3800749/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCAc < 1:4749391/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 2:4069196/1‑150 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:3982925/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:81932/150‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCggg > 2:1175413/1‑150 (MQ=255) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTa > 2:4128606/2‑150 (MQ=255) aaCGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTaaa > 1:1832191/1‑150 (MQ=255) | GTGGGGCGGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAA > NC_002947/662920‑663212 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |