| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 663,075 | T→A | 5.4% | intergenic (‑118/‑63) | PP_0569 ← / → yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 663,075 | 0 | T | A | 5.4% | 565.5 / 13.7 | 165 | intergenic (‑118/‑63) | PP_0569/yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/88); new base A (4/5); total (72/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTC > NC_002947/662927‑663224 | ggTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGtgctg < 2:3964221/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCa > 1:4846227/1‑150 (MQ=255) ggCGCCAGTCGGCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCAATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCAc < 2:4319321/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCTGGGTGCTGCAcc > 2:1806939/1‑150 (MQ=255) cgcCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCt < 2:3844565/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGCGTTTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGATTGGCCACTGTGTAACGACCCGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACGTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGtt < 2:2447083/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGTTTTGGGGCTTGGGCATTCCATGATATTTGGGGGCCTAGGTTTGCCCCTTTACCTATTGGCCACAGTGTACCTACCAGGCAACAATTTA‑GCGCGACATTGGTCTGACCTGGCGCGAAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2394758/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGATATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACATTTTAACGCCCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCGGACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 1:1803406/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGCCCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2394110/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTgcgc < 2:2887171/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTgcgc < 1:961245/150‑1 (MQ=255) tcacgcttGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GAGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCACCGCCGGGTGCTGCACCTGACGATGAGCt > 2:3617944/7‑150 (MQ=255) gAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCtata < 1:3634897/150‑1 (MQ=255) tGGGGCTTGTGCATTACTTGAGATTTTGGGGCGGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACAATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtg < 2:717174/150‑1 (MQ=255) gggCTTGTGCTTTCCATGATTTTTTGGGGCGGCTGTGGGCCCCTTTAACGAAGGGCCCCTGTGTACCGACCAGGCAACCTTTTT‑GCGCGACCAGGGTCTGACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtgct < 1:4908393/150‑1 (MQ=255) gggCTTGTGCTTTCATTGTGTTTGTGGGGCGGCTGGGTGCCCTTTTAACGAATGCCCACTGTGAACCCACCCGCAAACCTTTTC‑GCGCGACCTTGGTCTGACGTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTtgct < 1:1529518/150‑1 (MQ=255) cATGTGCATTCCTTGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACCGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCAGGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGcc < 2:5018076/150‑1 (MQ=255) tgCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCa < 2:5385546/150‑1 (MQ=255) 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cATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTacac > 2:3951505/1‑150 (MQ=255) aTGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACg > 1:5214381/1‑150 (MQ=255) aTGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACg > 2:342166/1‑150 (MQ=255) cgaTTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTg > 1:3666192/2‑150 (MQ=255) tttttGGGGCCGGTGTGGGCCCCTTTAACTACTGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACATTTTC‑GCGCGACCTTGGTCTGACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGcc < 1:1031998/149‑1 (MQ=255) aTTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACATTTTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCTTGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGcc < 1:4079814/150‑1 (MQ=255) aTTTGGGGGCCGCGGGGCCCCCCTTTAACTACGGGCCACTTTTTCCCGACCCGGAAACCATTTA‑GCGCGACCTTGGTCTCCCGGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCGGcc < 1:1032003/150‑1 (MQ=255) tgggggCCGCTGTGTGCCCTTTTACCGATTGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCTTTTA‑GCGCGACCAGGGTCTCACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCaa < 1:1636160/148‑1 (MQ=255) ggggCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAaga < 2:4888201/150‑1 (MQ=255) ggggCCGCTGTGTGCCCATTTAACTAATGGCCACTGTTTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCTTGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAaga < 1:4060705/150‑1 (MQ=255) 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tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTCTAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCCCGGGTGCCtctctctggtgct > 1:2974901/1‑143 (MQ=255) tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTca > 1:2802649/1‑150 (MQ=255) tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTca > 2:5238231/1‑150 (MQ=255) tttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTca > 2:4407767/1‑150 (MQ=255) ttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTcaa < 1:3485199/150‑1 (MQ=255) ttAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTcaa < 2:4595625/150‑1 (MQ=255) tAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTcaac < 2:777250/150‑1 (MQ=255) cGAATGGCCACTGTGTAACGACCAGCCAACCATTTC‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACaaa < 2:1066387/150‑1 (MQ=255) cGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACaaa < 2:3991272/150‑1 (MQ=255) gAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2558400/89‑1 (MQ=255) gAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTCTCTCATGTTCAACAAAg > 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tGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTc < 2:4796309/150‑1 (MQ=255) ggACCGGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTc < 1:2015376/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCtgt < 1:789786/139‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCAc < 1:4749391/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 2:4069196/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 1:4532834/1‑150 (MQ=255) tGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGc > 1:5171310/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGcc < 1:193681/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 1:1891639/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:3982925/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:81932/150‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCggg > 2:1175624/1‑150 (MQ=255) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGAttg > 1:381699/2‑95 (MQ=38) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTa > 2:4128606/2‑150 (MQ=255) gcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTa > 1:4354071/1‑150 (MQ=255) ggagctgcACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGGACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACACAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCAc < 1:5113078/147‑1 (MQ=255) ggTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCAc > 2:4558801/1‑150 (MQ=255) tgctgcACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCg < 2:4339165/150‑1 (MQ=255) tgctgcACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCg < 2:1634465/150‑1 (MQ=255) tgcACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTc > 1:2363190/1‑150 (MQ=255) | GGTGGCGCCAGTCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTC > NC_002947/662927‑663224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |