| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 663,083 | A→G | 5.1% | intergenic (‑126/‑55) | PP_0569 ← / → yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 663,083 | 0 | A | G | 5.1% | 568.3 / 11.4 | 175 | intergenic (‑126/‑55) | PP_0569/yfhM | MATE efflux family protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/93); new base G (4/5); total (77/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCGAGAAGTC > NC_002947/662938‑663232 | tCGGCCGCGCGTTGGGGCATGTGCCGTCCCTGAGATGTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCGTTAACGAATGGCCCCAGTGTAACGACCAGGCACCCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCGGGCGCGCAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGtt < 2:3258424/150‑1 (MQ=255)tCGGCAGCGTGTTGGGGCATGTGCATTCCATGCGTTTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGATTGGCCACTGTGTAACGACCCGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACGTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGtt < 2:2447083/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGTTTTGGGGCTTGGGCATTCCATGATATTTGGGGGCCTAGGTTTGCCCCTTTACCTATTGGCCACAGTGTACCTACCAGGCAACAATTTA‑GCGCGACATTGGTCTGACCTGGCGCGAAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGa < 2:2394758/150‑1 (MQ=255) 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gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:81932/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCg < 2:3983189/150‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCggg > 2:1175413/1‑150 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCggg > 2:1175624/1‑150 (MQ=255) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGAttg < 2:381699/94‑1 (MQ=38) tcAACGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGAttg > 1:381699/2‑95 (MQ=38) cAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTaa < 2:1646818/150‑1 (MQ=255) aaCGTCAGGTGCAGCACCCGGCGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTaaa > 1:1832191/1‑150 (MQ=255) ggagctgcACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGGACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACACAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCAc < 1:5113078/147‑1 (MQ=255) cACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCga > 1:4471396/1‑150 (MQ=255) aCCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCgag < 2:4532834/150‑1 (MQ=255) ccTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCga < 1:2383767/148‑1 (MQ=255) ccTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCga > 2:2383767/1‑148 (MQ=255) cTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCGAGaa > 2:4638598/1‑150 (MQ=255) gACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCGAGAAGt < 2:2602981/150‑1 (MQ=255) | TCGGCAGCGAGTTGGGGCATGTGCATTCCATGAGATTTTGGGGCCGCTGTGTGCCCCTTTAACGAATGGCCACAGTGTAACGACCAGGCAACCATTTA‑GCGCGACCATGGTCTGACCTGGCGCGCAACGCCGGGTGCTGCACCTGACGTTGAGCTATAGTTGCTGCCCTCACGTACACGCTGCCCAAGAGTTCCTATCTCATGTTCAACAAAGGATTGTTGCTGGCCTGCGCGCTGGCGTTGCTCAGTGCCTGTGACTCTTCCACGCCGGGTAAACCAGCACCGGTCGAGAAGTC > NC_002947/662938‑663232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |