Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 670,788 | C→T | 5.7% | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC → | peptidoglycan glycosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 670,788 | 0 | C | T | 5.7% | 717.6 / 21.0 | 228 | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC | peptidoglycan glycosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/114); new base T (5/8); total (106/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CGCAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCGGGC > NC_002947/670639‑670936 | cgcAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGcc > 2:3270804/1‑150 (MQ=255) cgcAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGcc > 2:20863/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGc < 2:4469214/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGc > 1:3939968/1‑150 (MQ=255) cgcCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGt > 1:5131151/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCTGGCCGtt < 1:5318686/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGtt < 1:4162894/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTg < 1:154649/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |