Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 699,725 | A→G | 49.9% | intergenic (+115/‑129) | PP_t06 → / → PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 699,725 | 0 | A | G | 49.9% | 20.1 / 290.1 | 204 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/41); new base G (54/47); total (116/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCG > NC_002947/699576‑699808 | ggaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa < 1:5253412/150‑1 (MQ=37) ggaggTCAGCGGTGCGAGCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa < 1:1611082/150‑1 (MQ=255) gaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc > 2:3857001/1‑150 (MQ=37) aggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCt < 1:1708115/150‑1 (MQ=37) ggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTg < 2:3694702/150‑1 (MQ=37) gTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGa > 2:2357309/1‑150 (MQ=37) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 2:2985230/1‑150 (MQ=37) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 2:1336058/1‑150 (MQ=37) tCAGCGGGTCGTTCGCGCTTGGCTCCACCGCTTTCGGCGTACGCCGTTAAGGGTCTGAAGTTAGACATTTACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCTGATCTTTCTTTAACAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa < 2:3034980/150‑1 (MQ=11) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |