| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 739,598 | G→C | 5.2% | G344G (GGC→GGG) ‡ | pilC ← | type IV fimbrial assembly protein PilC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 739,598 | 0 | G | C | 5.2% | 707.0 / 20.6 | 210 | G344G (GGC→GGG) ‡ | pilC | type IV fimbrial assembly protein PilC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/90); new base C (7/4); total (116/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GCAGGTACATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGCCCATTGGCCATGCCTTGGCGCAGCCGCAACACCGCCTGCTCGTGCAGGTCGCCACCCGTTAC > NC_002947/739450‑739744 | gCAGGTACATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGc < 1:4929803/150‑1 (MQ=255)gCAGGTACATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGc > 2:3821331/1‑150 (MQ=255) gTACATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCt > 1:2657275/1‑150 (MQ=255) gTACATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCt > 2:1500677/1‑150 (MQ=255) cATCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGa < 2:4392864/150‑1 (MQ=255) aTCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGGCACGCTGGac < 1:3449281/150‑2 (MQ=255) tCGCCACCACCAGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGAtt > 2:1384744/1‑150 (MQ=255) gCCACCACCAGGCCACACACCAGCAAGCCCAGGATCAGAAAGATGGACGGCTCCATCAGGCTGGTCAACTGATACAGAGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCTGCTATTTAAAGCATCTGGTCCAGAGTGCCGCTGGATTCa > 2:2508148/1‑150 (MQ=255) ccaccaccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGc < 1:2487852/141‑1 (MQ=255) ccaccaccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCAc > 2:3051545/1‑150 (MQ=255) ccaccaccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCAc < 2:4656864/150‑1 (MQ=255) ccaccaccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCAc > 2:3051922/1‑150 (MQ=255) ccaccaccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGGCACGCTGGaccaga < 1:4659090/150‑6 (MQ=255) caccaGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGAt < 1:4434792/150‑1 (MQ=255) caGGCCACCCACCAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGc < 1:2757472/150‑1 (MQ=255) acccaccAGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCaa > 1:1331460/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACt < 2:2592365/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACt > 1:1767372/1‑150 (MQ=255) accaGCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGc > 2:3092602/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCa < 2:4741909/150‑1 (MQ=255) aaGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGc > 1:1127521/1‑150 (MQ=255) aaGCCCAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGc > 1:775086/1‑150 (MQ=255) cccAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGACCCAGCAAg > 1:1662764/1‑150 (MQ=255) ccAGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAgg > 2:2304970/1‑150 (MQ=255) aGGATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAgggg < 2:5396238/150‑1 (MQ=255) gATCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAgggggg < 2:676478/150‑1 (MQ=255) aTCAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAggggggg < 2:5414284/150‑1 (MQ=255) cAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGaa < 2:4237764/150‑1 (MQ=255) cAGCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGaa < 2:2226327/150‑1 (MQ=255) gCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCACGGGGGGGAACa > 2:145310/1‑150 (MQ=255) gCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACa > 2:1617973/1‑150 (MQ=255) gCACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACa > 2:1210932/1‑150 (MQ=255) cACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAg > 2:2664627/1‑150 (MQ=255) cACGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAg < 2:4980557/150‑1 (MQ=255) cGATGGCCGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCg < 1:2901823/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCAc < 2:2468308/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGGCACGCTGGac < 1:2997837/101‑2 (MQ=255) ggCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCg < 1:201622/150‑1 (MQ=255) ggCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCg < 1:3518824/150‑1 (MQ=255) gCTCCAGCAGGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCgg > 2:2095845/1‑150 (MQ=255) agcagGCTGGTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATc > 1:2575562/1‑150 (MQ=255) ggTCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGCCCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGAGTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGtt > 2:3261873/1‑150 (MQ=255) tCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCa > 1:1052705/1‑150 (MQ=255) tCAACTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCa < 1:37303/150‑1 (MQ=255) aCTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGGAAGGGGGGGACCAGCGGTTCGCCGGCCATCGCCGGGGTCAGcc > 2:2921150/1‑150 (MQ=255) cTGATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGccc < 1:2920373/150‑1 (MQ=255) gATCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCtt > 2:2532624/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCgg > 1:4461895/1‑120 (MQ=255) aTCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGGCACGCTGGac > 1:1371904/1‑75 (MQ=255) tCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGACCAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGc > 1:4116409/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGc < 1:3858925/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGc > 1:4116028/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGccc > 1:417841/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGCCCAt < 1:2378846/150‑1 (MQ=255) gcCTGGCTGACCTGTTCCTCGTAATGGCTGGCGGCTTTTTCCAGCATCTGGTCCAGCGTGCCGCTGGATTCACCGATGGCCGTCAACTGCACCAGCAAGGGGGGGAACAGCGGTTCACCGGCCATCGCCTGGTTCAGCCCTTGCCCATTg < 2:3368329/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |