| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 743,433 | 0 | G | A | 9.2% | 447.7 / 25.7 | 153 | intergenic (+109/+165) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/76); new base A (6/8); total (69/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTG > NC_002947/743284‑743582 | cGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAtgtg < 2:5222871/150‑1 (MQ=255) gATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGa > 1:205531/1‑150 (MQ=255) aTACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGaa < 2:3806683/150‑1 (MQ=255) 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tgtgtgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGt < 1:1510950/150‑1 (MQ=255) tgtccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACg > 1:3451724/4‑150 (MQ=37) tgtccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACg > 2:5169287/4‑150 (MQ=37) tgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACg > 1:5314100/1‑150 (MQ=255) tgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACg < 2:1198098/150‑1 (MQ=255) 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CGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTG > NC_002947/743284‑743582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |