| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 760,134 | G→C | 5.8% | intergenic (+42/+23) | PP_5453 → / ← PP_0652 | hypothetical protein/gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 760,134 | 0 | G | C | 5.8% | 458.2 / 13.6 | 138 | intergenic (+42/+23) | PP_5453/PP_0652 | hypothetical protein/gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/63); new base C (4/4); total (71/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TTCGCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCA > NC_002947/759986‑760281 | ttCGCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCtgctgc < 1:1141610/150‑1 (MQ=255) cGCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTgcgc < 2:3299997/150‑1 (MQ=255) cGCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTgcgc < 1:4450801/150‑1 (MQ=255) gCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCa > 1:5182768/1‑150 (MQ=255) gCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCa < 2:4611845/150‑1 (MQ=255) acacGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGcc < 1:1918713/150‑1 (MQ=255) acacGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCGCAGCAGcc > 1:2399251/1‑150 (MQ=255) cacGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCGCAGCAGccc < 2:2808599/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCGCAGCAGccccaa < 2:2399251/150‑3 (MQ=255) gCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGt > 1:3761194/1‑150 (MQ=255) gCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCGCAGCAGccccaat < 2:539533/150‑4 (MQ=255) ccGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGtt < 2:2186161/150‑1 (MQ=255) tATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACt < 1:847094/150‑1 (MQ=255) aTCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTc > 2:4460656/1‑150 (MQ=255) ccATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGa < 2:1651895/150‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGa < 2:714302/150‑1 (MQ=255) aTCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGt > 2:5242037/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGt > 1:642663/1‑150 (MQ=255) 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gATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTg < 1:3305815/150‑1 (MQ=255) tcatcaGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGAt < 2:3581634/150‑1 (MQ=255) tcatcaGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGAt < 2:4019275/150‑1 (MQ=255) atcaGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAAc > 2:390966/1‑138 (MQ=255) atcaGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAAc < 1:390966/138‑1 (MQ=255) atcaGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATgg < 1:2763259/150‑1 (MQ=255) caGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAAcc < 2:4124532/137‑1 (MQ=255) caGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGcc > 1:1463840/1‑150 (MQ=255) caGCCGGTGGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGcc < 1:3813593/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCa > 2:1851987/1‑150 (MQ=255) 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tgtgGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACAccacca > 1:5005726/1‑150 (MQ=255) gAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGc < 1:3495856/150‑1 (MQ=255) aaGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGcc > 1:53483/1‑150 (MQ=255) aaGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGcc > 1:3767325/1‑150 (MQ=255) gCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGAt < 2:4485959/150‑1 (MQ=255) 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ccAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGcc > 2:1253510/1‑150 (MQ=255) tGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGa > 1:2705084/1‑150 (MQ=255) gggggCTGCGCAGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCGTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGa > 1:204559/2‑150 (MQ=255) ggggCTGCTGCGCAGCCCCCCTTGACTCGAGTTCAACCAATGGTGATGGCCGCATTCAAAATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGAt > 1:1386430/1‑150 (MQ=255) ggggCTGCGCAGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATg > 1:3484101/1‑135 (MQ=255) ggggCTGCGCAGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATg < 2:3484101/135‑1 (MQ=255) gggCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGAtt > 2:3536624/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTc < 2:682374/150‑1 (MQ=255) gctgctGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCt > 2:3255241/1‑150 (MQ=255) ctgctgCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCtt > 2:4165722/1‑150 (MQ=255) gctgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTc > 1:2353282/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCa < 2:3951672/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCa < 2:1296083/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCa < 2:578533/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCa < 2:3761194/150‑1 (MQ=255) tgcGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCAtt > 1:2719460/1‑48 (MQ=255) | TTCGCAACACGGCCGGTATCCATCAGGCGATCCGGATCATCAGCCGGTTGGCCAGTGAGCAGTGTGGGAAGGTAATGGAACGAAGCGAGCAGGATCTGCAGCGTTAGGCCAGATCGGTGCTCGAGGGTGGGGCCAGATTGGGGCTGCTGCGCAGCCCCCGTTGACTCGAGTTCAACCTATGGTGATGGCCGCATTCAACATCAACACCACCATCAGCCCAACCACCGCCACGATGGACTGCACCACCGAAATGGTCTTGGTGGCTTCGCCCATGGTCATGCCAAAGGATTCTTTCA > NC_002947/759986‑760281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |