| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 910,493 | A→G | 5.4% | K333R (AAG→AGG) ‡ | fruB → | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 910,493 | 0 | A | G | 5.4% | 585.2 / 13.6 | 183 | K333R (AAG→AGG) ‡ | fruB | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/93); new base G (7/3); total (87/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCC > NC_002947/910344‑910641 | cAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCaa > 1:101344/1‑150 (MQ=255)cAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCaa > 1:101113/1‑150 (MQ=255)cAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCaa > 2:1883397/1‑150 (MQ=255)cAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCaa < 1:1230016/150‑1 (MQ=255)cAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCaa > 2:4499949/1‑150 (MQ=255) cgcACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:101113/150‑1 (MQ=255) cACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgctgc > 2:2053579/1‑150 (MQ=255) aCGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgctgct > 2:4678389/1‑150 (MQ=255) gggTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCa < 2:5119027/150‑1 (MQ=255) gggTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCa < 1:4362287/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGcc > 2:1049942/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGCCAATCCACAGGGCTTGCCTGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTc < 2:1701456/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:3514287/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:3284037/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:2054648/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGTCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCgg > 1:684564/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCgg > 1:1327785/1‑150 (MQ=255) tGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGgcg > 1:4160553/1‑150 (MQ=255) 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gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:2311872/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1895247/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1721629/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg < 1:1919500/150‑1 (MQ=255) ccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAAc < 2:2237587/150‑1 (MQ=255) cGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAAcc < 2:146782/150‑1 (MQ=255) tCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTa > 2:1285847/1‑150 (MQ=255) tCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTa > 2:121057/1‑150 (MQ=255) ggTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTAcc > 2:3611376/1‑150 (MQ=255) tGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGc > 2:3980089/1‑150 (MQ=255) cgagGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCaga > 1:5018609/2‑150 (MQ=255) gagGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCagag > 1:3138241/1‑150 (MQ=255) aggcTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGt < 2:2564446/120‑1 (MQ=255) ggcTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCg > 2:892442/3‑150 (MQ=255) gCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCATTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCgcgc < 2:2795269/150‑1 (MQ=255) | CAGCGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCC > NC_002947/910344‑910641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |