| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 910,494 | G→C | 5.7% | K333N (AAG→AAC) ‡ | fruB → | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 910,494 | 0 | G | C | 5.7% | 589.4 / 18.6 | 176 | K333N (AAG→AAC) ‡ | fruB | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/90); new base C (7/3); total (83/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCCAT > NC_002947/910347‑910643 | cgcACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:101113/150‑1 (MQ=255) cACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgctgc > 2:2053579/1‑150 (MQ=255) gggTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCa < 2:5119027/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGcc > 2:1049942/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:3514287/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:3284037/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCgg < 1:4917726/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGgc > 1:1868609/1‑150 (MQ=255) tGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGgcg > 2:3567606/1‑150 (MQ=255) gCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCa > 1:2795269/1‑150 (MQ=255) cAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACg > 1:3031068/1‑150 (MQ=255) aaTCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGc < 2:3968883/150‑1 (MQ=255) tCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCg > 1:2514187/1‑150 (MQ=255) cacaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTg < 1:4114508/150‑1 (MQ=255) acaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:2063032/126‑1 (MQ=255) acaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct > 1:2063032/1‑126 (MQ=255) ggCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTggctga < 1:3893438/150‑5 (MQ=255) cTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGc > 1:532087/1‑150 (MQ=255) tGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCAc < 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cGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCtt > 2:4279989/1‑150 (MQ=255) gATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTg > 2:1981322/1‑150 (MQ=255) agaGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTTCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTgg < 2:4178356/148‑1 (MQ=255) aTAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTgg < 1:4630384/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGt < 1:5056440/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGaa > 2:4638751/1‑150 (MQ=255) cgcAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAag < 1:3428905/150‑1 (MQ=255) agccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAgg < 1:2053579/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 2:3771875/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 2:3812117/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1721629/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1895395/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg < 1:3445260/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg > 1:188837/1‑150 (MQ=255) cgagGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCaga > 1:560961/2‑150 (MQ=255) aggcTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGt > 1:2564446/4‑123 (MQ=255) aggcTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGc > 2:1488365/4‑150 (MQ=255) ggcTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCg > 2:892442/3‑150 (MQ=255) ccTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTCTCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGt > 2:2967999/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGt < 2:1868609/150‑1 (MQ=255) cTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTc < 1:4296766/150‑1 (MQ=255) aGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGttgtc > 1:2380160/1‑146 (MQ=255) gCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTcgcga > 2:121798/1‑149 (MQ=255) aaGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGccc < 1:2445193/150‑1 (MQ=255) | CGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCCAT > NC_002947/910347‑910643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |