| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 910,495 | C→T | 5.7% | L334L (CTG→TTG) | fruB → | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 910,495 | 0 | C | T | 5.7% | 553.1 / 14.7 | 176 | L334L (CTG→TTG) | fruB | PTS fructose transporter subunit EI/HPr/IIA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/90); new base T (7/3); total (83/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
CGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCCAT > NC_002947/910347‑910643 | cgcACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:101113/150‑1 (MQ=255)cgcACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:101344/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCg < 1:3514287/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCgg < 1:4917726/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGgc > 1:1868609/1‑150 (MQ=255) gCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCa > 1:2795269/1‑150 (MQ=255) cAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACg > 1:3031068/1‑150 (MQ=255) aaTCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGc < 2:3968883/150‑1 (MQ=255) cacaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTg < 2:26449/150‑1 (MQ=255) acaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct < 2:2063032/126‑1 (MQ=255) acaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAgct > 1:2063032/1‑126 (MQ=255) acaTGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTgg > 2:1993215/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTggctga < 1:3893438/150‑5 (MQ=255) ggCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAg > 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tGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCAc < 1:1584106/150‑1 (MQ=255) cgACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTg < 1:3705973/150‑1 (MQ=255) gACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTgg < 1:1314768/150‑1 (MQ=255) gACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTgg > 1:1511399/1‑150 (MQ=255) cGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCg < 2:73944/150‑1 (MQ=255) 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gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 2:3812117/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1895247/150‑1 (MQ=255) gccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGt < 1:1721629/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg < 1:3445260/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg < 1:1919500/150‑1 (MQ=255) ccagccGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTg > 1:188837/1‑150 (MQ=255) cGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAAcc < 2:146782/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTAcc > 2:3611376/1‑150 (MQ=255) cgagGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCaga > 1:560961/2‑150 (MQ=255) gagGCTGAGCAGCTTGCTCAGGCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCagag > 1:3138241/1‑150 (MQ=255) 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gCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTcgcga > 2:121798/1‑149 (MQ=255) gCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCATTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCgcgc < 2:2795269/150‑1 (MQ=255) gctgctCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCCAt > 1:3428041/1‑150 (MQ=255) | CGCACGGGTCGTGCTGGCCAATCCACATGGCTTGCATGCGCGACCGGCCAAGGTGCTTGCACAACTGGCCAAAGGCTTTGAAGGGGAAATCCGTGTGCGCCTGGTCGATAGCGCGCAGCCAGCCGTATCGGTGAAGAGCCTGAGCAAGCTGCTCAGCCTCGGCGCACGCCGTGGTCAGGCACTGGAACTGGTCGCCGAACCGAGCATCGCTGCCGATGCCTTGCCGGTGCTGCTGGCTGCTATCGAACAAGGCTTGGGTGAAGAGGTGGAACCGCTACCGCAGAGCGTCGCGCCCAT > NC_002947/910347‑910643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |