| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,082 | G→T | 17.0% | T171N (ACC→AAC) ‡ | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,082 | 0 | G | T | 17.0% | 537.4 / 85.4 | 204 | T171N (ACC→AAC) ‡ | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/86); new base T (16/19); total (99/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATG > NC_002947/92933‑93231 | ttcggtGCCGATCACCGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGcc > 2:571132/6‑150 (MQ=255) ttcggtGCCGATCACCGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGcc > 1:4067169/6‑150 (MQ=255) tcggtGCCGATCACCGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGcca < 2:146561/146‑2 (MQ=255) 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atCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGc < 1:111042/150‑1 (MQ=255) accGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGc < 1:2907828/148‑1 (MQ=255) tCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGACCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCa < 2:4363513/150‑1 (MQ=255) tgACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCAc < 1:393932/149‑1 (MQ=255) aCTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTACCTGGCACGa > 2:2886617/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACTGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCAAGGCGTCTTTCAGGCTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAt > 2:2143037/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCCTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAt > 2:4461264/1‑150 (MQ=255) aGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCgg > 2:17241/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCACCATGGCGGGGTACGTGTGTGGGCCAGCCACGTTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACTTTGGTAACCCAGTCACGCAGGTCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATATCTgc < 2:3027330/149‑1 (MQ=255) tCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGgcg < 2:2025588/150‑1 (MQ=255) 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tCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAg > 1:3538905/1‑150 (MQ=255) cATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgt < 2:1528808/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGCTTTACTTCGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTCAACGTCAGTGGCACCCATATAGACCACGCAAGGCAGGCCGAAACGGGCTGCAACGgtt > 2:3391632/1‑149 (MQ=255) tGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtgg > 1:3303982/1‑150 (MQ=255) tGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtgg > 2:1683629/1‑150 (MQ=255) cgCGTCACTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCCAGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggc < 2:3257484/149‑1 (MQ=255) cTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTc < 1:5087476/71‑1 (MQ=255) cTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtgg < 1:1619257/150‑1 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGATCACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGCTGTCGGTGGCACCCATGTAGATCTCGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:610411/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:1446453/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc < 1:694563/150‑1 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:3492401/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:1020967/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:64405/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggcg > 2:70004/1‑150 (MQ=255) aGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGaca > 2:1202865/1‑150 (MQ=255) gggTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGacac > 1:3901461/1‑150 (MQ=255) cGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCa > 1:805464/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGt > 2:4398062/1‑91 (MQ=255) gTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGt < 1:4397654/91‑1 (MQ=255) | GGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATG > NC_002947/92933‑93231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |