Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 954,441 | G→A | 5.0% | G94R (GGG→AGG) | cyoE → | protoheme IX farnesyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 954,441 | 0 | G | A | 5.0% | 568.8 / 12.2 | 179 | G94R (GGG→AGG) | cyoE | protoheme IX farnesyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/64); new base A (5/4); total (111/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCGGGT > NC_002947/954293‑954590 | ggTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCggg < 1:4847151/150‑1 (MQ=255) gTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCgggg < 2:243458/150‑1 (MQ=255) tACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGt > 2:1827109/1‑150 (MQ=255) cTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTgg < 2:1736969/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 2:5223175/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGc > 2:1006121/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGc < 1:4273697/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCAAAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTTCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCgg < 1:5356045/150‑1 (MQ=255) 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ggtggtTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCCGAGCAGGGTGGCgtagat < 1:650007/150‑6 (MQ=255) gtggtTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTc < 2:1575740/150‑1 (MQ=255) tggtTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCa < 2:4727643/150‑1 (MQ=255) ttGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGcc > 2:2761976/1‑150 (MQ=255) ttGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGcc > 2:5037723/1‑150 (MQ=255) 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gtTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGc < 1:3150808/150‑1 (MQ=255) aacaacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAAc > 2:5397518/1‑150 (MQ=255) caacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAAccc > 1:4765823/1‑150 (MQ=255) aacTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCg > 2:4347822/1‑150 (MQ=255) gCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGt > 2:3393003/1‑150 (MQ=255) 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ccTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCt > 1:5245883/1‑150 (MQ=255) | CGGTACTTCGCTGGTGGTTGCGTCCGGATGCGTGTTCAACAACTGCATCGACCGTGACATCGACCACAAGATGGAGCGCACCAAGAACCGTGTCATGGTTCAGGGCGGCATGTCGCTGCCCCTCGCGCTGATCTACGCCACCCTGCTCGGGGTGGCGGGTTTCAGCCTGCTGTATGTCCAGGCCAACCCGCTGTCTGCGTTCTGCGCACTGATTGGCTTTGTCGTCTACGTCGGTTTCTACAGCCTGTGGCTGAAGCGTAAATCGGTGCACGGCACCTTGGTCGGCAGCCTGTCGGGT > NC_002947/954293‑954590 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |