| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,093 | A→T | 14.5% | V167V (GTT→GTA) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,093 | 0 | A | T | 14.5% | 514.5 / 68.5 | 193 | V167V (GTT→GTA) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/83); new base T (12/16); total (94/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCC > NC_002947/92945‑93239 | accGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGc < 1:2907828/148‑1 (MQ=255) tCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCa < 1:1090417/150‑1 (MQ=255) tgACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCAc < 1:393932/149‑1 (MQ=255) cGACTGGAAGTCGCGCTCCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCAc < 2:5336968/150‑1 (MQ=255) aCTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTACCTGGCACGa > 2:2886617/1‑150 (MQ=255) aaGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCg < 2:5233575/150‑1 (MQ=255) aaGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTATTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCg < 1:768565/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCACCATGGCGGGGTACGTGTGTGGGCCAGCCACGTTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACTTTGGTAACCCAGTCACGCAGGTCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATATCTgc < 2:3027330/149‑1 (MQ=255) 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ggCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCtt < 1:1299403/150‑1 (MQ=255) gggTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATg < 1:3205085/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAaca < 2:2545376/150‑1 (MQ=255) gtgtGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAacac > 2:2427726/1‑150 (MQ=255) gggCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTc < 1:349754/150‑1 (MQ=255) 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gAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGc > 2:5318425/1‑150 (MQ=255) ataGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGCTTTACTTCGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTc < 1:5382881/136‑1 (MQ=255) aaGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCa < 2:3097639/150‑1 (MQ=255) aaGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCa > 2:3986700/1‑150 (MQ=255) aaGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCa > 1:4074267/1‑150 (MQ=255) 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acaaggCCTCTTTCAGGGTACCGGTTCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTACATGCGGAACACGTTCGCCTGCAGTCCCTCGATGTCGCTGGCACCCATGAAGATCACGCAAGGCACGCCGAAGCGCGCGGCGACAg > 2:1165575/5‑150 (MQ=255) aTGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGCTTTACTTCGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTCAACGTCAGTGGCACCCATATAGACCACGCAAGGCAGGCCGAAACGGGCTGCAACGgtt > 2:3391632/1‑149 (MQ=255) tGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtgg > 1:3303982/1‑150 (MQ=255) ggCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggc < 2:4452232/150‑1 (MQ=255) cTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTc > 2:5087476/1‑71 (MQ=255) cTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTc < 1:5087476/71‑1 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:1446453/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc < 2:1570/150‑1 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 2:1503650/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:64405/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggc > 1:1020967/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAgtggcggtggcg > 2:70004/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAggggcggtggcg > 2:4461640/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCATCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGACACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGa > 2:1712426/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGa < 2:2691784/150‑1 (MQ=255) aGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGaca > 2:1202865/1‑150 (MQ=255) gggTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGacac > 1:3901461/1‑150 (MQ=255) tACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGt < 1:2247505/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCAt < 1:5318542/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGt > 2:4397654/1‑91 (MQ=255) gTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGt < 1:4398062/91‑1 (MQ=255) gTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATg < 1:2735886/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCg < 2:1674948/150‑1 (MQ=255) ggcggTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGgc > 2:1778446/1‑150 (MQ=255) ggTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGcc < 2:4082154/150‑1 (MQ=255) | CGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCC > NC_002947/92945‑93239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |