| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,024,313 | G→C | 7.4% | S279R (AGC→AGG) | opdP ← | glycine‑glutamate dipeptide porin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,024,313 | 0 | G | C | 7.4% | 577.5 / 27.4 | 176 | S279R (AGC→AGG) | opdP | glycine‑glutamate dipeptide porin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/73); new base C (7/6); total (97/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TCATTGCCGTTGACCTGCTGCCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCC > NC_002947/1024164‑1024460 | ccGTTGACCTGCTGCCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGc > 1:662004/1‑150 (MQ=255) gACCTGCTGCCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTgc < 1:3333512/150‑1 (MQ=255) ctgctgCCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTGCGCt > 2:390798/1‑150 (MQ=255) 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ctgcCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTGCGCTGTc < 1:35055/150‑1 (MQ=255) gcCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGc > 1:3765744/1‑132 (MQ=255) gcCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGc < 2:3765744/132‑1 (MQ=255) ccAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGcc > 1:1135867/1‑150 (MQ=255) aggaggCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGCTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTTCGCTGTCTCCGa < 2:3295226/150‑1 (MQ=255) 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agTGCTCAGCCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCAcggtc > 2:4906769/2‑150 (MQ=255) cTCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGtt > 2:3107594/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGttt > 2:1935827/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGttt > 1:2735048/1‑150 (MQ=255) tCAGCCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGAt < 2:2550134/124‑1 (MQ=255) aGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTcc < 1:4224659/150‑1 (MQ=255) aGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTcc > 1:2275527/1‑150 (MQ=255) aGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTcc > 1:2275063/1‑150 (MQ=255) | TCATTGCCGTTGACCTGCTGCCAGGAGGCGCTGAGGGTGTGGGCTTGATGGGTCAGGCCCAGTGACAGGCTGTAAGTGTCGTTGTCGATCTTGCCCATTTTCTGGCTGCCGGCGTCGACGGTCTTGTAGTAGTTCAGGCCGGTGCTCAGGCTGAGCACTGCGCTGTCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCC > NC_002947/1024164‑1024460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |