| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,041,945 | T→G | 5.1% | V142G (GTT→GGT) | colR → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,041,945 | 0 | T | G | 5.1% | 524.6 / 13.4 | 156 | V142G (GTT→GGT) | colR | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/79); new base G (4/4); total (73/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTGCGCA > NC_002947/1041799‑1042094 | cTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTAc > 1:5238480/1‑150 (MQ=255) tCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTAcc > 1:3622090/1‑150 (MQ=255) ggggCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGc < 2:3622090/150‑1 (MQ=255) ggCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCa < 2:3696579/150‑1 (MQ=255) ggCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCa < 2:4394/150‑1 (MQ=255) gCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTTCCCGCCAg < 2:3052215/150‑1 (MQ=255) cTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAgg < 2:222012/150‑1 (MQ=255) cTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAgg > 1:2444871/1‑150 (MQ=255) tGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAg < 2:420303/148‑1 (MQ=255) gacTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCACGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGc > 2:4442623/1‑150 (MQ=255) tACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAGGGtatcgag < 1:3959811/150‑7 (MQ=255) tACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTg > 1:4313974/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGt > 1:4257380/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGtt > 1:1361363/1‑150 (MQ=255) tGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGa > 2:2172550/1‑150 (MQ=255) tGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGa > 2:2780970/1‑150 (MQ=255) gCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGaa > 1:46034/1‑150 (MQ=255) gCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGaa < 1:4641516/150‑1 (MQ=255) 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aaGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTc > 1:4000450/1‑150 (MQ=255) gCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCaa > 1:2996389/1‑150 (MQ=255) ccATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAAc < 1:5328811/150‑1 (MQ=255) tttGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCg > 2:3005653/1‑150 (MQ=255) cccTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCg > 2:485827/1‑150 (MQ=255) ccTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCgg > 2:2538756/1‑150 (MQ=255) cTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGc < 2:2263712/150‑1 (MQ=255) tGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGTTGCTGCGCCGTGCCCCGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCTATACCCTGGAGGTTACCCGCCCGTCTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGcc > 1:1601121/1‑150 (MQ=255) tGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGcc > 2:3875483/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAgct < 1:832659/150‑1 (MQ=255) 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ccTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGa < 1:1107828/150‑1 (MQ=255) cTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGAt > 1:4488801/1‑150 (MQ=255) cTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGAt > 1:2009233/1‑150 (MQ=255) cTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGAt < 1:3875483/150‑1 (MQ=255) tCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATa < 1:4753623/150‑1 (MQ=255) tACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGa < 2:2689098/150‑1 (MQ=255) gaCCCTGGCGGGTAACCTCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGa > 1:1806922/2‑150 (MQ=255) cccTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGcc < 2:1263121/119‑1 (MQ=255) cccTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGcc > 1:1263121/1‑119 (MQ=255) cccTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGcc > 1:1263118/1‑119 (MQ=255) gAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCAGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTg < 2:3825429/150‑1 (MQ=255) aGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTgc < 1:2772697/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTGCGCa < 1:4077333/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTGCGCa < 1:4077351/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTGCGCa > 1:2282049/1‑150 (MQ=255) | CTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGCCTGCGCA > NC_002947/1041799‑1042094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |