| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,101,520 | G→C | 5.1% | S32S (TCG→TCC) ‡ | mlaD → | phospholipid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,101,520 | 0 | G | C | 5.1% | 592.1 / 15.7 | 176 | S32S (TCG→TCC) ‡ | mlaD | phospholipid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/83); new base C (5/4); total (89/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GTGCTGGGTCTGGACTTTATTCTGACCGCCTTGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGACCGTGATTCCTACACCGGTCGGGT > NC_002947/1101375‑1101669 | tGGGTCTGGACTTTATTCTGACCGCCTTGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGccc > 2:461816/1‑150 (MQ=255) ggTCTGGACTTTATTCTGACCGCCTTGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGa < 2:233878/150‑1 (MQ=255) ggTCTGGACTTTATTCTGACCGCCTTGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGGCCGACAGCCCgc < 2:2623592/150‑2 (MQ=255) 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ttGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATg < 1:97382/150‑1 (MQ=255) gTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTAc < 1:1387350/150‑1 (MQ=255) gTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTAc < 2:3977275/150‑1 (MQ=255) tttGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACt < 1:2902151/150‑1 (MQ=255) gagaTTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGa > 1:1742229/1‑150 (MQ=255) 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ctgctgctgGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATc < 2:3560443/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGAt < 1:40558/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATc < 1:2350152/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATc < 1:1030100/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGAc > 2:3701631/1‑150 (MQ=255) 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tcGGGCTGGCCGACAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATc > 2:1597926/2‑132 (MQ=255) tcGGGCTGGCCGACAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGACCGTGATTCCTaca > 2:5177861/2‑150 (MQ=255) ggCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGc < 2:2534013/61‑1 (MQ=255) ggCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGc > 1:2534013/1‑61 (MQ=255) tGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGACCGTGATTCCTACACCGGTc > 1:2502103/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGACCGTGATTCCTACACCGGTCgg < 1:621028/150‑1 (MQ=255) 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GTGCTGGGTCTGGACTTTATTCTGACCGCCTTGATGTTTGGAGATTTCTGATGCAAAACCGCACCCTGGAAATCGGTGTCGGCCTGTTCCTCCTGGCCGGGATCCTGGCGCTGCTGCTGCTGGCCCTGCGTGTCAGCGGGCTGTCGGCCAGCCCGAGCAGCGATACCTATAAAGTTTATGCTTACTTCGACAATATCGCCGGTTTGACGGTCAGAGCTAAAGTGACCATGGCCGGTGTGACCATCGGCAAGGTTACCGCCATCGATCTGGACCGTGATTCCTACACCGGTCGGGT > NC_002947/1101375‑1101669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |