| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,120,912 | G→C | 5.0% | L116L (CTG→CTC) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,120,912 | 0 | G | C | 5.0% | 536.9 / 13.3 | 159 | L116L (CTG→CTC) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/93); new base C (4/4); total (62/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GGGCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGA > NC_002947/1120763‑1121061 | gCTGTTCCTCGGCATCCTCCGGGCTGACGGGCGCCTGGACCTGGAAAGCGCGAGGCCCGTGCTGTCGGCCACGGGCATGAGCCAGCCGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGctgag < 2:2506000/150‑1 (MQ=255) cTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGctgagc > 1:2869691/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGctgagcctg > 1:3149383/1‑150 (MQ=255) cTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGctgagcctgagc < 2:1078963/150‑1 (MQ=255) tCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCtgagcctgagcc > 2:2878959/1‑150 (MQ=255) tCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCtgagcctgagcc > 2:2346228/1‑150 (MQ=255) cGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTgagcctgagcct < 1:1355253/150‑1 (MQ=255) gCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTgg < 2:1225116/150‑1 (MQ=255) 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ttACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGt > 2:4816434/1‑150 (MQ=255) ttACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGt > 2:5061014/1‑150 (MQ=255) ttACGGGCGCCTATACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGt > 1:2135837/1‑150 (MQ=255) aCGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg < 2:3149383/150‑1 (MQ=255) aCGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg < 2:3401448/150‑1 (MQ=255) 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tGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCACCTGGGCAACGCCCAggggg < 1:1668104/150‑4 (MQ=255) tGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCACCTGGGCAACGCCCAggggg < 1:1784295/150‑4 (MQ=255) tGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGa < 2:384028/150‑1 (MQ=255) gAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatc < 1:4816434/150‑1 (MQ=255) tcggagaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcatc > 2:5071726/4‑150 (MQ=255) aGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcatc > 2:427153/1‑150 (MQ=255) aGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcatc < 1:474765/150‑1 (MQ=255) aGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcatc < 1:93687/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGAtcatca < 2:4993584/150‑1 (MQ=255) gagaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagc < 1:2337941/150‑1 (MQ=255) gaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagcca < 1:5214684/150‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCcagca < 1:3860187/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCcagcag < 1:3495014/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGa > 2:2282487/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGa < 1:1175327/150‑1 (MQ=255) 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1:399232/108‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTc > 2:399232/1‑108 (MQ=255) cTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTGGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCt > 2:1280046/1‑150 (MQ=255) tGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTc < 1:1248485/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTcg < 2:830026/150‑1 (MQ=255) cccTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTcgc < 1:5446292/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAAc < 1:5153091/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAAc < 1:809462/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAAc < 1:4076957/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAAcc < 2:2187104/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCtata > 2:4667106/1‑150 (MQ=255) gctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATAc < 1:427153/150‑1 (MQ=255) gctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATAc < 1:5004374/150‑1 (MQ=255) caggggggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGa > 2:1635561/7‑129 (MQ=38) gggggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCACCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTc < 2:3709521/109‑1 (MQ=38) gggggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCACCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTc > 1:3709521/4‑112 (MQ=38) gggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGc > 2:535352/2‑150 (MQ=255) ggCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCa < 2:4946170/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTaa < 1:4579629/136‑1 (MQ=255) cTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACt > 2:2423802/1‑150 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg < 2:2633749/150‑1 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg > 1:2633749/1‑150 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg > 2:853615/1‑150 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg < 2:883988/150‑1 (MQ=255) gagcctgagcctGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGa < 1:2566148/150‑1 (MQ=255) | GGGCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGA > NC_002947/1120763‑1121061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |