| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,120,918 | G→C | 5.0% | L118L (CTG→CTC) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,120,918 | 0 | G | C | 5.0% | 536.2 / 13.3 | 159 | L118L (CTG→CTC) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/93); new base C (4/4); total (62/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGATGACCG > NC_002947/1120769‑1121067 | ccTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGctgagcctgag > 2:1107483/1‑150 (MQ=255) tCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCtgagcctgagcc > 2:2346228/1‑150 (MQ=255) tCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCtgagcctgagcc > 2:2878959/1‑150 (MQ=255) cGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTgagcctgagcct < 1:1355253/150‑1 (MQ=255) gCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTgg < 2:1225142/150‑1 (MQ=255) cATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGc < 1:4734867/150‑1 (MQ=255) tcctccTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGccc < 2:1487184/150‑1 (MQ=255) tcctccTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGccc < 2:977736/150‑1 (MQ=255) 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tcctGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGcccccc > 1:1602591/1‑150 (MQ=255) gCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGc < 2:4823359/150‑1 (MQ=255) ttACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGt > 1:4094149/1‑150 (MQ=255) ttACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGt > 2:5061014/1‑150 (MQ=255) aCGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg < 2:3149383/150‑1 (MQ=255) 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tGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCAACGCCCAggggg < 2:3081278/150‑4 (MQ=255) tGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCACCTGGGCAACGCCCAggggg < 1:1784316/150‑4 (MQ=255) tGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCACCTGGGCAACGCCCAggggg < 1:1668104/150‑4 (MQ=255) tGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGa < 2:384028/150‑1 (MQ=255) tGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGa > 2:3265871/1‑150 (MQ=255) tGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGa > 2:4480210/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatc < 1:4816434/150‑1 (MQ=255) aaGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcat < 1:2708097/150‑1 (MQ=255) aGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatcatc < 1:474765/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGAtcatca < 1:3160818/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGAtcatca < 2:4993584/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGAtcatca > 1:52405/1‑150 (MQ=255) gagaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagc > 1:2038509/1‑150 (MQ=255) gagaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagc < 1:2337941/150‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCcagca < 1:3860187/150‑1 (MQ=255) 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gCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAAcc < 2:2187104/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCtata > 2:4667106/1‑150 (MQ=255) gctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATAc < 1:427153/150‑1 (MQ=255) gctgGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATAc < 1:5004374/150‑1 (MQ=255) gggggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCACCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTc < 2:3709521/109‑1 (MQ=38) gggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGc > 2:535352/2‑150 (MQ=255) ggCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCa < 2:4946170/150‑1 (MQ=255) ctgagcctgagcCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCg > 2:2437212/1‑150 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg > 2:853615/1‑150 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg < 2:883988/150‑1 (MQ=255) tgagcctgagccTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCgg < 2:2633749/150‑1 (MQ=255) gagcctgagcctGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGa < 1:2566148/150‑1 (MQ=255) agcctgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGAt < 1:1107483/150‑1 (MQ=255) agcctgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGAt < 1:4595467/150‑1 (MQ=255) cctgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGATGa > 1:892666/1‑150 (MQ=255) ctgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGATGAc > 1:3745552/1‑150 (MQ=255) tgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGtt < 2:4503272/70‑1 (MQ=255) tgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGtt > 1:4503272/1‑70 (MQ=255) tgagcctgGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGATGAcc > 1:1305270/1‑150 (MQ=255) | TTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAACTGTCGGATGACCG > NC_002947/1120769‑1121067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |