| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,122,763 | T→C | 5.2% | intergenic (+29/+118) | PP_0983 → / ← PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,122,763 | 0 | T | C | 5.2% | 621.3 / 13.8 | 192 | intergenic (+29/+118) | PP_0983/PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/101); new base C (7/3); total (88/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCT > NC_002947/1122616‑1122912 | gCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCa < 1:2472137/150‑1 (MQ=255) ccAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAg > 1:4008779/1‑150 (MQ=255) ggACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGt < 1:4584131/150‑1 (MQ=255) tGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCt < 1:2735198/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCAGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCCTGAGGTCGGCtttc > 1:3825092/1‑146 (MQ=255) ggCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCAGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCCTGAGGTCGGCtttc < 2:3825092/147‑2 (MQ=255) gCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCa > 1:425345/1‑134 (MQ=255) ccGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTg > 1:4728810/1‑150 (MQ=255) 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aaTAGCCTGACCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGAGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCAACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAACGGGCCCGAAGGCAACTCCCATCCTCTGGCtt > 2:1851419/1‑150 (MQ=255) gCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTAttt > 2:1883412/1‑150 (MQ=255) tGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCACCTACAGGTACCG‑ACAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 2:3014969/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 1:2471196/150‑1 (MQ=255) aGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTtcttct < 1:3297486/150‑1 (MQ=255) ccacgaaaaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCtt > 1:3091569/8‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg > 1:3329196/1‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg > 1:4941379/1‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg < 2:1242728/150‑1 (MQ=255) aaGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGc > 2:2160262/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCt < 2:4153201/74‑1 (MQ=255) gAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAc > 1:3686387/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGACAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 2:2120548/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 1:5119388/1‑150 (MQ=255) aaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAccc > 2:3131656/1‑150 (MQ=255) aaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAccc < 2:3206148/150‑1 (MQ=255) ccTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAg > 1:2147958/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCt > 2:2251575/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCt < 1:5245755/150‑1 (MQ=255) | GCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCT > NC_002947/1122616‑1122912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |