| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 1,122,765 | 0 | A | G | 5.2% | 609.0 / 13.3 | 190 | intergenic (+31/+116) | PP_0983/PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/99); new base G (7/3); total (88/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCTGG > NC_002947/1122616‑1122914 | gCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCa < 1:2472137/150‑1 (MQ=255) ccAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAg > 1:4008779/1‑150 (MQ=255) ggACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGt < 1:4584131/150‑1 (MQ=255) 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2:3014969/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 1:2471196/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 1:2925189/150‑1 (MQ=255) aGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTtcttct < 1:3297486/150‑1 (MQ=255) ccacgaaaaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCtt > 1:3091785/8‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg > 1:3329196/1‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg > 1:4941379/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCt < 2:4153201/74‑1 (MQ=255) gAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAc > 1:3686387/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 2:1056638/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 1:5119388/1‑150 (MQ=255) aCCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCa > 1:2621710/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAg > 1:2147958/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCt < 1:5245755/150‑1 (MQ=255) tCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCt > 2:2251575/1‑150 (MQ=255) aGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCTgg > 1:3506908/1‑150 (MQ=255) | GCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCTGG > NC_002947/1122616‑1122914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |