| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,376,329 | A→T | 8.6% | intergenic (+32/+17) | kup → / ← PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,376,329 | 0 | A | T | 8.6% | 481.9 / 28.3 | 163 | intergenic (+32/+17) | kup/PP_1201 | potassium transport system protein Kup/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/74); new base T (10/4); total (85/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGCCGT > NC_002947/1376180‑1376477 | tCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCagag < 1:1909150/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCg > 1:1202605/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCg < 1:2662342/150‑1 (MQ=255) 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tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTct < 2:178745/150‑2 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:4841709/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:3661620/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:3513320/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:3896961/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:4956336/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCa > 1:4841741/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCAcc > 2:1982312/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCAcc > 1:2687232/1‑150 (MQ=255) ggCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTa > 2:321086/1‑150 (MQ=255) ggCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTa < 1:1293038/150‑1 (MQ=255) gCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGc > 2:3554770/1‑150 (MQ=255) cAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGGTCGGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGGTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGcc < 2:3834463/150‑1 (MQ=255) gagCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGCCGt < 1:2628245/150‑1 (MQ=255) | GTCGCGCTGGCGGGGCAACCTGTTCGCGTTCTTGCTGAAGAATGCCAACGGCAACTTGCGCTTCTTCAACCTGCCGTTGAACCGGGTGATCGAGCTAGGGACCCAGGTCGAGATCTGAATGGGGTTATACAGCAGGCTCAGGGCCGCAGAGCGGCCCTGAGCCTTGTCAGTTCTGCTCAGCTACGCTGGACTTGCCTTGGCGCGTTTCGATCTCGCCAATCAACCGCTTGGCGAGTGCCGGGTAGTTCTCGTCGAAGTGGTGCCCGCCAGGCAGTTTCAGGCGCTCACCTACTGCCGT > NC_002947/1376180‑1376477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |