| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,481,523 | G→A | 5.0% | A74A (GCC→GCT) | rhlB ← | ATP‑dependent RNA helicase RhlB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,481,523 | 0 | G | A | 5.0% | 627.6 / 12.8 | 197 | A74A (GCC→GCT) | rhlB | ATP‑dependent RNA helicase RhlB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/88); new base A (4/6); total (103/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TAACCCAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCGGCGT > NC_002947/1481374‑1481669 | tAACCCAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTg > 1:4536731/1‑150 (MQ=255) aCCCAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGc < 1:452166/150‑1 (MQ=255) cccAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGcc > 1:584045/1‑150 (MQ=255) ccAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCCAGCCt < 1:1913002/150‑1 (MQ=255) aGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCtgt < 2:2466858/150‑1 (MQ=255) gACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTgg < 2:3160663/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggct > 2:865763/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggctt > 1:5258781/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggcttgg > 1:93482/1‑150 (MQ=255) cTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggcttgggctt < 1:3079233/150‑1 (MQ=255) cTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggcttgggctt < 1:349942/150‑1 (MQ=255) cTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggcttgggctt < 2:2568686/150‑1 (MQ=255) cTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTggcttgggctt < 1:2217410/150‑1 (MQ=255) ggATCGGCGTGCAGGACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCCTCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGACGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGc < 2:1276690/150‑1 (MQ=255) gATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCg > 2:3663157/1‑150 (MQ=255) gATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCg > 1:4287408/1‑150 (MQ=255) aGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTcgcggcgcg > 2:226147/1‑150 (MQ=255) gTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTcgcggcgcgg > 1:2696191/1‑150 (MQ=255) 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tCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCcgcg < 1:209008/150‑1 (MQ=255) ttCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcggg > 2:317079/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcgggccgg < 1:3362106/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcgggccgg < 2:4633744/150‑1 (MQ=255) gCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGtttt > 1:3554550/1‑137 (MQ=255) gCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGtttt < 2:3554550/137‑1 (MQ=255) aagccACAGGCCAGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcgggccg > 1:4098908/4‑147 (MQ=255) aagccACAGGCCAGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcgggccg < 2:4098908/144‑1 (MQ=255) ttCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCt > 2:2346770/1‑150 (MQ=255) gccACAGGCCAGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCGTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCtt > 2:3471383/2‑150 (MQ=255) ccACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTc < 1:3103384/150‑1 (MQ=255) ccACAGGCCAGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTc > 1:1680374/1‑150 (MQ=255) cacaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTcc < 1:3691365/150‑1 (MQ=255) acaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCcgcg < 2:687308/137‑1 (MQ=255) acaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCg < 1:2738312/150‑1 (MQ=255) acaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCg > 2:1717887/1‑150 (MQ=255) acaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCg > 1:3879919/1‑150 (MQ=255) acaGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCg > 1:3880372/1‑150 (MQ=255) caGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATggg < 2:3287999/116‑1 (MQ=255) caGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATggg > 1:3287999/1‑116 (MQ=255) caGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGACATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCgg < 2:5243927/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAgg > 1:2389069/1‑83 (MQ=255) aGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAgg < 2:2389069/83‑1 (MQ=255) gCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCGGCGt > 1:668714/1‑150 (MQ=255) ggCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGcgggccg > 1:5194757/1‑135 (MQ=255) | TAACCCAGGACCTGCGCCTGGATCGGCGTGCAGTACGGGAAGCCCAGGTCGTGGATGGCGTGCATCAGCTCGTTGGACAGCTTGAAGTCGTGGAAGCGGGTTTTGCCTTCCTGCGGCTCGACCACGAAGTCTTCGGGCTTCCACAGGCTGGCCTGTGGCTTGGGCTTGCGTTCGCGGCGCGGTTTGTCCTTGGCCGGTTGATCGGCAGGTGGCGTCGCGGCGGCAGGTTGCTCAGCCTTGGGGGCGGGGTTGGCATGGGGTGCGGCCGGTTTTGCCGCGGGCCGGGCTTCCGGCGT > NC_002947/1481374‑1481669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |