| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,743,195 | +C | intergenic (+464/+288) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,743,195 | 1 | . | C | 97.5% | 703.1 / 10.0 | 200 | intergenic (+464/+288) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/5); new base C (103/92); total (103/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAAC‑T‑GCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4743046‑4743334 | cAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgag < 2:3626867/150‑1 (MQ=255) gTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 2:799942/1‑147 (MQ=255) aGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagctt < 1:3932540/150‑7 (MQ=255) ttACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGa < 1:5476018/150‑1 (MQ=255) tACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaa < 1:5071969/150‑1 (MQ=255) cGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatc < 2:499776/150‑3 (MQ=255) ggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca > 1:1662162/1‑146 (MQ=255) ggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca > 1:3448816/1‑146 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGAC‑TCGCATTCGTGaatccag < 1:4743719/150‑6 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccagg < 2:5247417/150‑7 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccagg < 2:1348614/150‑7 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccagg < 2:1962550/150‑7 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccagg < 2:2364525/150‑7 (MQ=255) aTCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGcccc > 2:3493128/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGGTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTAGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCg < 1:2684746/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca > 2:2179423/1‑133 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca < 1:2179242/137‑5 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCg < 2:2165323/150‑1 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGacac > 2:5258734/1‑150 (MQ=255) tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACg > 2:5040531/1‑150 (MQ=255) cctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGt > 1:5530341/1‑150 (MQ=255) cctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGt > 2:619717/1‑150 (MQ=255) cctTGATGATCGTACTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGt > 2:619682/1‑150 (MQ=255) ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtc < 2:2400362/150‑1 (MQ=255) tGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcct > 1:4841866/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcc < 2:4418796/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcc < 1:2717941/150‑1 (MQ=255) tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTcctcct < 1:3115264/150‑1 (MQ=255) ggTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTg < 2:5333800/150‑1 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc > 2:4890740/1‑150 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc > 1:5210410/1‑150 (MQ=255) cGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAg < 1:4152237/150‑1 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc > 1:301539/1‑150 (MQ=255) 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ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:4229528/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:4270535/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:3531043/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:3845192/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:49520/1‑150 (MQ=255) 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cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 2:1400512/150‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg > 1:3241075/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:4013026/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 2:2555938/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:2534747/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGGCT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:985484/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:3146730/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 1:5494188/150‑1 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 2:4363349/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 1:2283690/1‑150 (MQ=255) 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CAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAAC‑T‑GCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4743046‑4743334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |