Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 4,160,432 | 0 | T | G | 36.1% | 176.0 / 39.3 | 161 | L159R (CTG→CGG) | PP_3661 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/49); new base G (42/15); total (97/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGGGCGGCACTGT > NC_002947/4160284‑4160579 | gtgtCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTg > 2:5100167/1‑150 (MQ=255) tgtCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAACGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCAGTCGAATCGGCGCGgc > 2:3269843/1‑150 (MQ=255) tgtCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTgc > 1:2828701/1‑150 (MQ=255) 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tGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑ccc < 1:948343/150‑1 (MQ=255) ggTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGGGCGGCgccccg‑cccc > 1:4117472/1‑150 (MQ=255) ggTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑ccga < 2:3488179/150‑3 (MQ=255) ggTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑ccga < 2:925009/150‑3 (MQ=255) gTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGGGCGGCGCCGCG‑ccccc > 1:3505539/1‑150 (MQ=255) 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ccTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCaa > 2:2084567/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCAAAAAAGCGCCaa > 2:2084669/1‑149 (MQ=255) ctgctgATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCGGCGCCCCG‑CCCCCCCGAAAAGCGcccgg > 1:2365365/1‑147 (MQ=255) tgctgATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCGGCGCAGCG‑CCCCCCCAAAAATCGCCAAgg > 1:4800851/1‑150 (MQ=255) gctgATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCCGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCaatgc > 2:1288974/1‑146 (MQ=255) 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gcctcgggcggcgCCGCCGCGGGGCGGGCATCCGAAGCGGGGGTGCGCCGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCAt < 1:1011469/143‑1 (MQ=255) cccATCGGGGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCTACGCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCAt < 1:4145342/149‑1 (MQ=255) cctcgggggcgCCGCCGCGGGGCTGGCATGCGCATGGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCGTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCt < 1:1815907/143‑1 (MQ=255) cATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCGGCGCAGCG‑CCCCCCAGAAAAGCGCCAAGGCAGTCGGAAGCGGAGTGCTGTTGGGTACCAGGTCGTTGTTGCTTTACCCACAGGCGATCAATTCCGGCTGGGTGCATCt > 1:1747441/1‑150 (MQ=255) aTCCGCGGGGCCGCCGCCGTGGGGGCATTCGCATCGGGGCGGCGCCGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTg < 2:2126816/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTgg > 2:1384080/1‑150 (MQ=255) tCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCGGCGCCGCG‑CCCCCCCTACAAGCGCCCAGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGGTCGGTACCGTGTCGATGGTGCGTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCagcgag > 2:1491354/1‑145 (MQ=255) gccgccgTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCCGCG‑CCCCCCCTAAAAGCGCCCTGGCAGTCGGACGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTGCATTACCCACTGGCGATCAAATCCGGCTGGCTGCATCTGGATAACAAGGgc > 1:4556947/1‑150 (MQ=255) ccgTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCGTGTCGATGTTGCTTTAACCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGccc > 2:4528247/1‑149 (MQ=255) ctggatttCGACTCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGgctg < 2:197659/144‑1 (MQ=255) gCATTCGAATCGGCGCGGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTAACCACAGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGgctgctg > 2:2162397/1‑150 (MQ=255) ttCGACGCGGCGCGGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGctgctgctg < 1:3955284/150‑1 (MQ=255) ttCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAATCGCCAAGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTAACCACAGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCAAGGGCGCCGGGctgctgctg > 1:5706831/1‑150 (MQ=255) cgcctCGGCGCGGCGCCCCC‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTggg < 1:4816845/146‑1 (MQ=255) tggggggCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAATCGCCAAGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTTTCGATGTTACTTTAACCACAGGCGATCAAATCCGGCTGGCTGCAACTGGATACCAAGGGCGCCGGGCTGCTGCTGggc > 2:5727585/6‑150 (MQ=255) gactCGGCGCGGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCAGGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCGGGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCACTGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGggc < 2:3994779/147‑1 (MQ=255) gAAGCGGCGCGGCGCCGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGggc < 1:3558396/150‑1 (MQ=255) ggggggCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGAt < 2:2318538/93‑1 (MQ=255) aTCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCCTAACAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGggcgg < 2:4882618/150‑1 (MQ=255) ggggCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGggcggc > 2:5111412/3‑150 (MQ=255) gggcgcggcgcAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCTGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGGGCGGCa < 1:5100167/149‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGGGCGGCa < 2:2828701/150‑1 (MQ=255) | GTGTCGGTGCTGGTAGTCACCAGTACCCTGCTGATCGGCCTGTGGTGTGGCATGAAAGTGTTCAAGCTCGACCGCGATACCGCCTTGCTGACCGCCGCCGGCAGCGCCATCTGCGGCGCCGCCGCCGTGCTGGCATTCGAATCGGCGCTGCGCAGCG‑CCCCCCATAAAAGCGCCATGGCAGTCGGAAGCGTAGTGCTGTTCGGTACCTTGTCGATGTTCCTTTACCCACTGGCGATCAATGCCGGCTGGCTGCATCTGGATACCATGGGCGCCGGGCTGCTGCTGGGCGGCACTGT > NC_002947/4160284‑4160579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |