| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,824,717 | C→T | M144I (ATG→ATA) | kguT ← | 2‑ketogluconate transporter, putative |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,824,717 | 0 | C | T | 98.8% | 864.8 / ‑1.9 | 242 | M144I (ATG→ATA) | kguT | 2‑ketogluconate transporter, putative |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (115/123); total (119/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGCCTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTAGACGTTGCTGACCATGCCGGT > NC_002947/3824571‑3824863 | ggCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCa < 2:2239279/150‑1 (MQ=255) ggCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCa < 2:3508889/150‑1 (MQ=255) gCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAg < 1:4244651/150‑1 (MQ=255) ggTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTACCCGGACACCACCGACATCCCCAGAATGGTCCCCGGGGTGCCCAGGATCAGGa > 2:713064/1‑150 (MQ=255) ggTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGa > 2:891934/1‑150 (MQ=255) ggTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGa > 1:4050586/1‑150 (MQ=255) aTCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGgt > 1:3993206/1‑150 (MQ=255) aTCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGgt > 1:1865833/1‑150 (MQ=255) tCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGgtg < 2:5046179/150‑1 (MQ=255) ccaccaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGgtgt > 1:3527312/1‑150 (MQ=255) caccaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGtt < 1:4511835/150‑1 (MQ=255) caccaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGtt < 2:475378/150‑1 (MQ=255) caccaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGtt > 1:4521401/1‑150 (MQ=255) accaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTg < 2:952345/150‑1 (MQ=255) accaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTg < 2:1021317/150‑1 (MQ=255) accaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTg > 2:2507736/1‑150 (MQ=255) ccaGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTgg > 1:4018959/1‑150 (MQ=255) caGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGgc > 1:4577001/1‑150 (MQ=255) 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gATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGaa < 1:869358/150‑1 (MQ=255) gATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGaa < 1:3683209/150‑1 (MQ=255) aTCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAAc < 1:233653/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAAt < 2:3970984/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAAt < 1:5395847/150‑1 (MQ=255) 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gaACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGc > 1:1056877/1‑150 (MQ=255) gaACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGc > 1:2436700/1‑150 (MQ=255) aCATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCg > 1:1982064/1‑150 (MQ=255) caaccAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTAACAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCgg < 2:4197897/147‑1 (MQ=255) cATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGTATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCgg < 2:2796394/150‑1 (MQ=255) 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GGGCGGTCATCCACCAGGCGCCACCAGAAGAACGCCCAGATCACGGCAGGCAGGCCTTCGATGATGAACATCCAGCGCCAGTCGTAATGCTTGATCAGGTAACCGGACACCACCGACATCCACAGAATGGTCACCGGGTTGCCCAGCATCAGGAAGGTGTTGGCGCGTGAACGCTCGGCCCGGGTGAACCAATGGCACAGGTACACCAGCATGGCCGGCATGACCGCAGCCTCCACCACCCCGAGCAGGAAGCGGATGCCGATCAGCATGTAGACGTTGCTGACCATGCCGGT > NC_002947/3824571‑3824863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |