| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 4459540 = | 10 (0.020) | coding (212/696 nt) | pcaI | 3‑oxoadipate CoA‑transferase subunit A | |||||
Only 100 of 1077 total aligned reads displayed.
ATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTC > NC_002947/4459392‑4459688 | tcatGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTg > 2:8869398/1‑149 (MQ=255) tCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagac < 2:8070196‑M2/149‑7 (MQ=255) acctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAggt < 2:4672752‑M2/10‑1 (MQ=255) 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atccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCaa < 2:4338054‑M2/103‑1 (MQ=255) tccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAAc > 2:6250949‑M2/46‑149 (MQ=255) gCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggt > 1:812082‑M2/1‑47 (MQ=255) tgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTgg > 2:513172‑M2/42‑149 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATcc > 1:6807158‑M2/30‑149 (MQ=255) gcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCcg > 2:5829259‑M2/29‑149 (MQ=255) gtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAgg < 2:2122685‑M2/130‑1 (MQ=255) tgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGc > 1:2485591‑M2/19‑149 (MQ=255) tGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacga < 1:9219124‑M2/149‑130 (MQ=255) ttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTc > 2:7162913‑M2/17‑149 (MQ=255) tCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgtcta < 1:5063759‑M2/149‑133 (MQ=255) tGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgt < 1:8831353‑M2/149‑136 (MQ=255) acacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCa < 2:3451789‑M2/138‑1 (MQ=255) gcaggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtca < 2:962881‑M2/149‑138 (MQ=255) cacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGGGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCAt > 1:3678063‑M2/11‑149 (MQ=255) acagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCAtt < 2:3193795‑M2/140‑1 (MQ=255) cagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTg > 1:8686397‑M2/9‑149 (MQ=255) ggcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccg > 2:5364002‑M2/1‑9 (MQ=255) agcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTgg < 2:2993126‑M2/142‑1 (MQ=255) cctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTg < 2:3692871‑M2/144‑1 (MQ=255) ctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGc < 2:2645111‑M2/145‑1 (MQ=255) ggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGt < 2:1952669‑M2/147‑1 (MQ=255) | ATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTC > NC_002947/4459392‑4459688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |