Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,355,175 | 0 | T | G | 28.0% | 352.6 / 42.5 | 207 | V112G (GTG→GGG) | yrpB | 2‑nitropropane dioxygenase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CGCGCCGGCTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAGCGCCACG > NC_002947/4355027‑4355323 | cgcgCCGGCTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGCTTTCACGGCGCCCGCGCCGgt > 2:526635/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGgtgt > 2:6199137/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGGGCCCCTTTAACGGCGCCCCCGCCCgtgtgcca > 1:5541093/1‑145 (MQ=255) cTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGTCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGGGTCCAAcc > 1:2474154/1‑149 (MQ=255) cTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGTGTCCAAcc > 2:8546467/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGGGCCGGGTTGACGGCGCCCCCGCCCGGGGCCaaacct > 1:3517652/1‑145 (MQ=255) gCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGTGTCCAAccct > 2:10129758/1‑147 (MQ=255) ccGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGTGTCCAAACCTgc > 2:7976065/1‑149 (MQ=255) 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ccccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGt < 1:9570252/148‑1 (MQ=255) ccccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGt < 2:5398683/148‑1 (MQ=255) ccccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGt < 2:5314741/148‑1 (MQ=255) cccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTc > 2:3285490/1‑149 (MQ=255) cccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTc < 2:7104056/149‑1 (MQ=255) ccACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTcc > 1:10467320/1‑149 (MQ=255) cACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGTGCTGCCTGCTGGTCGTAGCGTTGCGCCCGGTGGTGGTGTGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCTTACTGCTGCAGCGTGTAAAGGCCAGAGGTGCAAATGTACTGTCCa < 1:9497683/149‑1 (MQ=255) cACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCa > 2:422760/1‑149 (MQ=255) aCGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAg < 1:8390246/149‑1 (MQ=255) ccGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAgcgc < 1:5872297/149‑1 (MQ=255) tgtCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAGCGCCACg > 2:5500302/1‑149 (MQ=255) tgtCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAGCGCCACg < 1:3921040/149‑1 (MQ=255) | CGCGCCGGCTGCCCGGGGCGCCCGCTGAACCTGAACTTCTTCTGCCACCAGCCGCCAGCGCCCGATGCCGAGCGCGATGCGCGCTGGAAGCAGGCACTTGAGCCTTATTACAGCGAAGTGGGCGCCGATTTCACGGCGCCCACGCCGGTGTCCAACCGTGCGCCTTTCGACGAGCAGAGCTGCCTGCTGGTCGAAGCGTTGCGCCCGGAGGTGGTGAGCTTCCATTTCGGCCTGCCGCAGGCCGAACTGCTGCAGCGGGTAAAGGCCAGCGGTGCCAAGGTACTGTCCAGCGCCACG > NC_002947/4355027‑4355323 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |