| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,224,986 | 0 | A | C | 55.6% | ‑5.3 / 20.5 | 37 | A427A (GCT→GCG) | PP_4603 | transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/15); new base C (0/20); total (1/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACAGCGCAGCCCGGAAGGGCTGGGTGATCTCTCATCAAACAAAATGCAACCCATTGTTTTCTAAGCACTCAAGCGGCCACCAGTTGATACCCCAGTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCATT > NC_002947/5224870‑5225127 | accgcgcAGCCCGCAAGGGCTGGGTTATAGCACAACAAAAAAAATGAAACCCATTTTTTTATAAGAAAACACGCGGCCACCTTTTGATACCCCTTTTTCGGGG‑ATTTGCG‑ACGAAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTc < 1:10321539/146‑1 (MQ=0) tgtgttaTCTCTCATCAAAAAAAATGAAACCAATTTTTTTATATGCAATCAAGCGGCAACCATTTTATACCCCTTTTTCGTGG‑ATTTGCT‑AAGAAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGtt < 2:5842197/143‑1 (MQ=1) ggggttttctctcATCAACCAAATGGCAACCCCTGGTTTTCTCCGCCCGCCCGGGGCCCCCTGTTGATACCCCTGTTGCGGGG‑CTTTGCG‑ACGCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGtt < 2:6339411/142‑1 (MQ=0) gttaTCTCTCACCAAACAAAATGCAACCCATTGTTTTCTACGCACTCAAGCGGCCACCCGTTGATACCCCTGTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCaa < 2:7952525/146‑1 (MQ=1) 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tctacccACTCACGCGGCCACCTTTTTATACCCCCGTTGCGGGG‑CTTGGGG‑AAGAAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCa < 2:2027659/143‑1 (MQ=1) tacgCACTCACGCGGCCACCAGTTCATACCCCTGTTCCGGGT‑CTTTGCG‑ACTAAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGa < 2:2602550/146‑1 (MQ=1) acccacgCGGCCACCTGTTGATACCCCTGTTTCGGGG‑CTTTGCT‑ACGAAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGc < 2:3485262/143‑1 (MQ=1) ccacgcgcCCCCCTGTTGATACCCCTG‑TTGCGGG‑TGTTGCGCACGCAACCCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCa < 1:2186020/145‑1 (MQ=1) ccacgcgcCCACCTTTTCATCCCCCTTTTTCGGGG‑TTTTGCG‑AACAAACCCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCa < 1:3615324/145‑1 (MQ=1) 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cccccaGTTGCCACCCCTGTGCCGGGG‑CTTTGCT‑AACAAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATgc < 1:1121904/146‑1 (MQ=1) ccctgTTGATCCCCCTGTTGCGGGG‑CTTTGCG‑ACGCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATgcgc < 1:675008/145‑1 (MQ=1) cctgTTGATACCCCAGTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCa < 2:4823276/146‑1 (MQ=1) tttaTACCCCAGTTTCCGGT‑CTTTGCT‑AAGAAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTgg < 2:437428/146‑1 (MQ=1) tggtACCCCAGTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCCAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTATTGGTTAACAGGGTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGc > 1:8962539/4‑149 (MQ=0) atcccccCGTTTCGGGG‑CTTTGCG‑AAGCAATGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCt < 2:7152358/146‑1 (MQ=0) cctgTTTCTGGG‑CTTTGCG‑ACGCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATg < 2:4396828/146‑1 (MQ=0) cctgTTTCGGGT‑TTTTGCC‑AACCAACCCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATg < 1:8803493/146‑1 (MQ=1) cccgTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATg < 2:252252/146‑1 (MQ=1) ccgtgtCCGGG‑CTTTGCG‑ACCCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATgg < 1:5066148/144‑1 (MQ=0) taagaacaGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCAtt < 1:5566439/142‑1 (MQ=1) gatgCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCAtt < 1:7534421/146‑1 (MQ=1) gacgCAACGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCAtt < 2:1840541/146‑1 (MQ=1) caaccAAACCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCAtt < 1:344333/145‑1 (MQ=1) | ACAGCGCAGCCCGGAAGGGCTGGGTGATCTCTCATCAAACAAAATGCAACCCATTGTTTTCTAAGCACTCAAGCGGCCACCAGTTGATACCCCAGTTTCCGGG‑CTTTGCG‑AAGCAAAGCCCGGACCTGCCGGTCTTGGCTTCTGGTTTCGAACTCCTCAAGACCTTGTTCAACATAAGCCTGCTTCTTGGTTAACAGGTTGTACACCAGACGTGCCAACTGATGCGCAGTGGCCTTGATGGCGCAGCTGGTATCCATT > NC_002947/5224870‑5225127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |