| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300696 | 1300697 | 2–1199 | 39 [0] | [0] 38 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 34 (1.280) | 24/124 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300632‑1300765 | ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 2:946542‑M2/2‑1 (MQ=255) cttgctgaagaataattgaaatgataatattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa > 1:376715‑M2/65‑68 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc > 1:362992‑M2/60‑68 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:320676‑M2/52‑68 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattacactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:321903‑M2/52‑68 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 1:175185‑M2/49‑68 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:469379‑M2/26‑1 (MQ=255) attattaattccgctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCTATTGTTAAATTATTGTGCa > 2:446253‑M2/40‑68 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 2:508542‑M2/36‑68 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:192037‑M2/5‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat > 2:192037‑M2/34‑38 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:445221‑M2/31‑68 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 2:281889‑M2/31‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1039292‑M2/39‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 2:844804‑M2/30‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 2:1039292‑M2/30‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 1:464506‑M2/34‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 2:464506‑M2/30‑63 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:842793‑M2/28‑58 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 2:842793‑M2/31‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt > 1:855977‑M2/25‑40 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 2:855977‑M2/16‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc > 1:405877‑M2/25‑68 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 2:362992‑M2/47‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 2:466736‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 2:829405‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 2:941675‑M2/18‑68 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 2:73752‑M2/13‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:46494‑M2/11‑46 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 2:46494‑M2/36‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa > 1:525315‑M2/11‑52 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 2:525315‑M2/42‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:896522‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATAATTGTGCATTTCGCTACTGGAAATGTAATCAGAAAAg > 1:733712‑M2/11‑68 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 2:685425‑M2/67‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:511039/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 2:727927/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:270401/1‑68 (MQ=255) | ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300632‑1300765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |