| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,499,705 | 0 | C | G | 32.1% | 53.9 / 11.4 | 30 | intergenic (+90/‑205) | yhfL/frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/16); new base G (9/0); total (14/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGGTTTAATTGCCCGACGCCCTCTGGATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGAT > NC_000913/3499640‑3499772 | ccGGTTTAATTGCCCGACGCCCTCTGGATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGcgcc > 1:134611/1‑68 (MQ=255) aTTGCCCGACGCCCTCTGGATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTa < 1:262347/68‑1 (MQ=255) gCCCTCTGGATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCGCCCGCCCGTAAAAATAtttt > 1:232486/1‑68 (MQ=255) ctGGATTTACCGATGGCTTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACtt < 2:118804/68‑1 (MQ=255) gATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCGCTTTaa > 1:16181/1‑68 (MQ=255) gATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTaa > 1:438019/1‑68 (MQ=255) aTTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTaaa > 1:667303/1‑68 (MQ=255) ttttCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCACCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAAt > 1:357575/1‑68 (MQ=255) ccGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGAACCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCaa > 1:253660/1‑68 (MQ=255) aGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAAttt > 1:172692/1‑68 (MQ=255) tATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAAc < 2:290048/68‑1 (MQ=255) aTTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACt < 2:94398/68‑1 (MQ=255) tttGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTa < 2:820597/68‑1 (MQ=255) tttCTATGTCCTTCTTGCCCCCTCCATTAAAATTATTTTCTCTTTAAATTCAATTTGATAACTACATc < 2:253660/68‑1 (MQ=255) tttCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCGCTTTAAATTCAATTTGATAACTACATc > 2:568330/1‑68 (MQ=255) tttCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTATATTCAAATTGATAACTACATc < 1:377651/68‑1 (MQ=255) ttCTATGTCCTTCTTGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTTAATcc > 2:386751/1‑68 (MQ=255) ttCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATcc < 1:742208/68‑1 (MQ=255) ttCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATcc < 1:473516/68‑1 (MQ=255) ttCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATcc < 1:305897/68‑1 (MQ=255) cTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCAt < 2:42038/68‑1 (MQ=255) ccTTCTTGGGCCCGCCCGTAAATATTTTTTCACTTTAATTTCTATTTGATAACTACATCCATTAGAca > 2:685983/1‑68 (MQ=255) tcttGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAg > 2:196929/1‑68 (MQ=255) tcttGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAg > 2:213564/1‑68 (MQ=255) tcttGCGCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAg > 2:557423/1‑68 (MQ=255) cttGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAgc < 1:753883/68‑1 (MQ=255) cttGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAgc < 1:44196/68‑1 (MQ=255) cttGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAgc < 1:196929/68‑1 (MQ=255) cttGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAgc < 2:959816/68‑1 (MQ=255) tGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGa < 2:1025773/43‑1 (MQ=255) tGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGa > 1:1025773/1‑43 (MQ=255) ccccGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGAt < 2:277459/68‑1 (MQ=255) ccccGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATAAGCCACAGCGCGAt < 1:546029/68‑1 (MQ=255) | CCGGTTTAATTGCCCGACGCCCTCTGGATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTCTTGCCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGAT > NC_000913/3499640‑3499772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |