| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,498,808 | 0 | T | A | 27.3% | 32.1 / 11.5 | 35 | V327V (GTT→GTA) | cysG | fused siroheme synthase 1,3‑dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/15); new base A (9/0); total (20/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGATTATG > NC_000913/3498745‑3498875 | ttttGGCCTTGTTGGCGAAGAGCTGGATACACTGTGCATCGCGTGTATTCCGTTCTCGGTTGT‑TCCgg < 1:226073/68‑1 (MQ=255)ttttGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCgg < 2:602958/68‑1 (MQ=255) tttGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑AGCgg‑g > 1:392223/1‑68 (MQ=255) ttGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑Gt < 2:601208/68‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑ACCGG‑Gttat > 1:878025/1‑65 (MQ=255) agagCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTg < 2:706958/68‑1 (MQ=255) cTGGAATCACTGTGCTTCGTGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTg < 1:597147/68‑1 (MQ=255) aaaCACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGctct > 2:536297/1‑68 (MQ=255) acacTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGc > 2:340811/1‑68 (MQ=255) acacTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGc > 2:193450/1‑68 (MQ=255) acacTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑ACCGG‑GTAATAAAGCAGCTTCTGGTTGCTCTGc > 1:294528/1‑68 (MQ=255) cacTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGcc > 2:62794/1‑68 (MQ=255) acTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt < 1:340808/68‑1 (MQ=255) acTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt < 2:294530/68‑1 (MQ=255) gCAACGCGGGTATTCCGTTCTCTGTGGT‑TCAGG‑GTATTACAGCAGCATCAGGTTGCTCTGCCTATTCg > 2:316064/1‑68 (MQ=255) gCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCg > 2:169965/1‑68 (MQ=255) tggcgGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCTGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGt < 1:451300/66‑1 (MQ=255) aCGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGt < 2:721317/68‑1 (MQ=255) gcgGGTATTCCGTTCTCGGTGGTACCCGT‑ATATTA‑AGAAGCTTCTGGTTGCTCGGCCTATTCGGGtgt > 1:891000/1‑66 (MQ=255) gcgGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑ACCGGTTTATTA‑AGCAGATTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGtgt > 1:407545/1‑66 (MQ=255) gcgGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑ACCCG‑TTTATAACACAGCTACAGGTTGCTCTGCATATTCGGGtgt > 1:400541/1‑66 (MQ=255) gcgGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑ACCAG‑TTAATAACTCAACTTCTAGTTGCTCTGCCTATTCGGGTAt > 1:391007/1‑68 (MQ=255) gttttCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCa < 1:275209/65‑1 (MQ=255) tATTCCGTTCTCGGTGGTACCCGT‑ATATTA‑ATCAAAATATGGTTGCTCTGCCTTTTCGGGTATTCCAc > 1:402979/1‑68 (MQ=255) tCCGTTCTCGGTGGT‑TCCCG‑TTAATAAAACAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCa > 1:271371/1‑68 (MQ=255) tCCGTTCTCGGTGGT‑ACCGG‑TTAATAACAAAACTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCa > 1:760336/1‑68 (MQ=255) cGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACg > 2:5836/1‑68 (MQ=255) cGTTCTCGGTGGT‑ACCGG‑GTAATAAAACAACTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACg > 1:360689/1‑68 (MQ=255) gTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGc > 2:101620/1‑68 (MQ=255) gtgtcGGTGGT‑TCGGG‑GTATTACCGCTGCTTCTGGTTGTTGTGTCTATTTGGGTATTCCACTCACGCa < 1:898731/65‑1 (MQ=255) ctcGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATc < 2:614337/68‑1 (MQ=255) ggtggt‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATcgcg < 2:496065/68‑1 (MQ=255) gtggt‑ACCGG‑GTAATAAAGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGa > 1:624579/1‑68 (MQ=255) tggt‑TCCGG‑GTATTATCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCGACTCACGCATCGCGAt < 1:62794/68‑1 (MQ=255) tggt‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGAt < 2:271373/68‑1 (MQ=255) tCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGGTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGATTATg < 1:292139/68‑1 (MQ=255) | TTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGT‑TCCGG‑GTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGATTATG > NC_000913/3498745‑3498875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |