| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 26 [0] | [1] 28 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 24 (1.160) | 20/124 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
CATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300633‑1300765 | gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:309350‑M2/66‑68 (MQ=255) gtgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 2:456275‑M2/5‑1 (MQ=255) gctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:590667‑M2/7‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc > 2:453809‑M2/60‑68 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg < 1:330295‑M2/14‑1 (MQ=255) taattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 1:485560‑M2/16‑1 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCTATTGTTTAat > 2:605828‑M2/49‑68 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 1:746532‑M2/49‑68 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat > 1:752253‑M2/46‑68 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 2:366650‑M2/26‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 2:749595‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggatagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 2:123298‑M2/35‑68 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 2:324873‑M2/35‑68 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 2:204123‑M2/37‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa > 2:281694‑M2/30‑47 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa < 1:281695‑M2/18‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 2:147409‑M2/39‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:375245‑M2/39‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc > 2:90987‑M2/25‑68 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg < 2:130547‑M2/53‑1 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:601760‑M2/16‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 2:33931‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 2:118429‑M2/11‑68 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa > 2:245464‑M2/6‑68 (MQ=255) aataataatCAATTGTTAACTTATTGAGCATTTCACTACTTGAACTGTAATCAGACAAGATAGACATg < 1:51284/68‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 1:118429‑M2/67‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 2:321243/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGAATTACACTACAGGAACAGTAATCAGAAAAGATAGCCaaga > 2:368205/1‑65 (MQ=255) | CATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300633‑1300765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |