| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,618,075 | 0 | G | C | 28.1% | 60.8 / 10.3 | 32 | A350P (GCG→CCG) | ydeA | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/10); new base C (0/9); total (13/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATGCTACCGACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGT > NC_000913/1618012‑1618139 | gATGCTACCGACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGtt > 2:171744/1‑68 (MQ=255) gttccGTCGTCGGGATGTCGCTATTCTCCTGGATATTTAATTTTGGAATCGGGGCGGGTCCGTTtgta < 2:886992/65‑1 (MQ=255) cTACCGACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTggta < 1:171743/68‑1 (MQ=255) gACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCTGGCGCGTTGGTAGGTaa < 1:769445/68‑1 (MQ=255) gACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGCCCGTTGGCAGGTaa < 1:677052/68‑1 (MQ=255) aCGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGt < 1:262379/57‑1 (MQ=255) aCGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGt > 2:262381/1‑57 (MQ=255) cGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATc > 1:70850/1‑68 (MQ=255) cGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGCGCGTTGGTAGGTAATc < 1:66334/68‑1 (MQ=255) aTGTCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGATTCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg < 1:3328/68‑1 (MQ=255) aTGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg > 2:274310/1‑68 (MQ=255) aTGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGCCCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg < 2:878019/68‑1 (MQ=255) aTGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGCCCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg < 2:654573/68‑1 (MQ=255) gccaTTCTCCGGCATATTTAATATTGGAACCGGGGCGGGTCCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGc < 1:181545/65‑1 (MQ=255) gcTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGc > 1:309873/1‑68 (MQ=255) gtcATATTTAATATTGGAATCGGGGCTGGTCCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAAt < 2:242545/66‑1 (MQ=255) ggCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGCGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAAt < 1:602785/68‑1 (MQ=255) atatTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg > 2:825962/1‑50 (MQ=255) atatTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAg < 1:825956/50‑1 (MQ=255) tttATTATTGTAATCGGGGCGGGCCCGGTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGGCTATGTCgat < 2:979902/68‑1 (MQ=255) tAAAATTGGAATCGGGGCGGGTCCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCgatga < 1:472513/68‑1 (MQ=255) atTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTgg < 2:516813/51‑1 (MQ=255) atTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTgg > 1:516808/1‑51 (MQ=255) atTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTgg > 1:979894/1‑68 (MQ=255) atTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCAATGGTCAATGTCGATGATTgg > 1:987847/1‑68 (MQ=255) aaTCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTAtg > 1:475710/1‑68 (MQ=255) gggCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGgc > 1:821599/1‑68 (MQ=255) ggCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGgcg > 1:929985/1‑68 (MQ=255) gCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGgcgc > 2:257239/1‑68 (MQ=255) gggTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTCGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCgg < 1:975332/68‑1 (MQ=255) ggTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGt < 2:821605/68‑1 (MQ=255) ggTCCGTTGGGAGGTAATCAGGCGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGt < 2:761368/68‑1 (MQ=255) | GATGCTACCGACGTCGCGATGGCGCTATTCTCCGGCATATTTAATATTGGAATCGGGGCGGGTGCGTTGGTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGT > NC_000913/1618012‑1618139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |