Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,810,533 | 1 | . | G | 30.8% | 12.0 / 16.6 | 13 | coding (323/591 nt) | ydjM | inner membrane protein regulated by LexA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base G (2/2); total (6/7) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTG > NC_000913/1810472‑1810593 | ttttACCTTATGGTTCCGGATGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCTCTACAAGTAATGTTGCT‑GGGTTa < 1:337938/68‑1 (MQ=255) ttttACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTa < 1:337936/68‑1 (MQ=255) ggTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCcaca < 1:240517/68‑1 (MQ=255) ggTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATg < 2:362183/68‑1 (MQ=255) ccGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGa < 1:355161/57‑1 (MQ=255) ccGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGa < 1:356072/57‑1 (MQ=255) ccGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGa > 2:355159/1‑57 (MQ=255) ccGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGa > 2:356070/1‑57 (MQ=255) gCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGCCACccgc > 2:661781/1‑68 (MQ=255) cgcTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGtt < 2:659070/68‑1 (MQ=255) gAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCAGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGctc > 1:554885/1‑68 (MQ=255) aaggTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGCCGCCCGCCGGTGTTACCCAGCTCTg > 1:464112/3‑68 (MQ=255) aTGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTg > 1:574924/1‑68 (MQ=255) | TTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCT‑GGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTG > NC_000913/1810472‑1810593 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |